Сергей Ястребов - От атомов к древу. Введение в современную науку о жизни

Lombard J., Lopez-Garcia P., Moreira D. The early evolution of lipid membranes and the three domains of life // Nature Reviews. Microbiology , 2012, V. 10, № 7, 507–515.

Koga Y. et al. Did archaeal and bacterial cells arise independently from noncellular precursors? A hypothesis stating that the advent of membrane phospholipid with enantiomeric glycerophosphate backbones caused the separation of the two lines of descent // Journal of Molecular Evolution , 1998, V. 46, № 1, 54–63.

Martin W., Russell M. J. On the origins of cells: a hypothesis for the evolutionary transitions from abiotic geochemistry to chemoautotrophic prokaryotes, and from prokaryotes to nucleated cells // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences , 2003, V. 358, № 1429, 59–85.

Cordova A. et al. Amino acid catalyzed neogenesis of carbohydrates: A plausible ancient transformation // Chemistry: A European Journal , 2005, V. 11, № 16, 4772–4784.

Watanabe H. et al. A cellulase gene of termite origin // Nature , 1998, 330–331.

Tanimura A. et al. Animal cellulases with a focus on aquatic invertebrates // Fisheries Science , 2013, V. 79, № 1, 1–13.

Robinson J. M. Lignin, land plants, and fungi: biological evolution affecting Phanerozoic oxygen balance // Geology , 1990, V. 18, № 7, 607–610.

Beerling D. J. et al. Carbon isotope evidence implying high O 2/CO 2ratios in the Permo-Carboniferous atmosphere // Geochimica et Cosmochimica Acta , 2002, V. 66, № 21, 3757–3767.

Cavalier-Smith T. Cell evolution and Earth history: stasis and revolution // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences , 2006, V. 361, № 1470, 969–1006.

Callahan M. P. et al. Carbonaceous meteorites contain a wide range of extraterrestrial nucleobases // Proceedings of the National Academy of Sciences , 2011, V. 108, № 34, 13995–13998.

Mulkidjanian A. Y., Cherepanov D. A., Galperin M. Y. Survival of the fittest before the beginning of life: selection of the first oligonucleotide-like polymers by UV light // BMC Evolutionary Biology , 2003, V. 3, № 1, 12–18.

Dahm R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA // Developmental Biolog y, 2005, V. 278, № 2, 274–288.

Troland L. T. Biological enigmas and the theory of enzyme action // The American Naturalist , 1917, V. 51, № 606, 321–350.

Demerec M. What is a gene? // Journal of Heredity , 1933, V. 24, № 10, 369–378.

Avery O. T., MacLeod C. M., McCarty M. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of Pneumococcal types // Journal of Experimental Medicine , 1944, V. 79, № 2, 137–158.

Watson J. D., Crick F. H. Molecular structure of nucleic acids // Nature , 1953, V. 171, 737–738.

Jeffries A. C., Symons R. H. A catalytic 13-mer ribozyme // Nucleic Acids Researc h, 1989, V. 17, № 4, 1371–1377.

Forterre P. Three RNA cells for ribosomal lineages and three DNA viruses to replicate their genomes: a hypothesis for the origin of cellular domain // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , 2006, V. 103, № 10, 3669–3674.

Коляскина Е. А. Дающая жизнь: традиционные представления русских крестьян Алтая о женском плодородии и деторождении // Вестник Томского государственного университета. 2008. № 317.

Маклин Ф. 1759. Год завоевания Британией мирового господства. — М.: АСТ, 2011. Книга посвящена решающим событиям Семилетней войны.

Roberts I. F. Maupertuis: Doppelganger of Doctor Moreau // Science Fiction Studies , 2001, V. 28, № 2, 261–274.

Крик Ф., Ниренберг М. Генетический код // Успехи физических наук. 1964. Т. 82. Вып. 1, 133–160.

Gamow G., Ycas M. Statistical correlation of protein and ribonucleic acid composition // Proceedings of the National Academy of Sciences , 1955, V. 41, № 12, 1011–1019.

Аспиз М. Е. Об А. А. Нейфахе как об ученом // А. А. Нейфах — взгляды, идеи, раздумья. — М.: Наука, 2001, 114–118.

Кроме стоп-кодона существует еще и другой «знак препинания» — старт-кодон, с которого синтез полипептидной цепочки начинается. Обычно им является кодон аминокислоты метионина — АУГ. Таким образом, первым «кирпичиком», с которого начинает синтезироваться почти любой белок, служит метионин. Это, однако, не значит, что все белки обязательно начинаются с метионина, потому что он вполне может удаляться в ходе так называемой посттрансляционной модификации.

Здесь воспроизведена идея, которую высказал в сетевом обсуждении китайский биохимик Минь Чжоу: https://www.researchgate.net/post/Why_did_evolution_favor_ATP_and_not_GTP_TTP_or_CTP

Вот описание этого опыта, которое в данном случае будет лучше любого пересказа своими словами: «В экспериментах с бесклеточной системой Маршалл Ниренберг и Генрих Маттэи, исследовавшие активность различных препаратов РНК в роли матриц для белкового синтеза, в качестве контроля использовали синтетическую полиуридиловую кислоту (poly U), рассчитывая, что она не будет проявлять существенной матричной активности. К своему большому удивлению, они обнаружили, что poly U достаточно эффективно направляет синтез полифенилаланина. Более того, полифенилаланин оказался единственным полипептидом, синтезируемым в присутствии poly U. Из этих наблюдений непосредственно вытекало, что триплет UUU служит кодоном для фенилаланина. Вскоре аналогичным образом было установлено, что poly C направляет синтез полипролина, а poly A — полилизина, то есть CCC является пролиновым кодоном, а AAA кодирует лизин. К счастью, использованная в этих экспериментах бесклеточная система содержала повышенную концентрацию ионов магния, при которой (как выяснилось в дальнейшем) инициация синтеза полипептидной цепи происходит и в отсутствие инициаторного кодона AUG. Только поэтому вышеупомянутые синтетические матрицы и удалось использовать для аномальной инициации трансляции. Так, отчасти благодаря счастливой случайности, удалось сделать первые шаги на пути к полной расшифровке генетического кода». ( Кайгер Д., Айала Ф. Современная генетика. — М.: Мир, 1987. Т. 2. С. 76.)

Retallack G. J. et al. Problematic urn-shaped fossils from a Paleoproterozoic (2.2 Ga) paleosol in South Africa // Precambrian Research , 2013, V. 235, 71–87.

Кунин Е. В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.

Hussell T., Bell T. J. Alveolar macrophages: plasticity in a tissue-specific context // Nature Reviews. Immunology , 2014, V. 14, 81–93.

Малахов В. В. Основные этапы эволюции эукариотных организмов // Палеонтологический журнал. 2003. № 6. 25–32.

Раутиан А. С., Сенников А. Г. Отношения хищник — жертва в филогенетическом масштабе времени // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. 2001. Вып. 4, 29–46.

Danovaro R. et al. The first metazoa living in permanently anoxic conditions // BMC Biology , 2010, V. 8, № 1, 30.

Joseph R. The origin of eukaryotes: Archaea, bacteria, viruses and horizontal gene transfer // Journal of Cosmology , 2010, V. 10, 3418–3445.

Кунин Е. В. Логика случая — М.: Центрполиграф, 2014.

Yutin N. et al. The origins of phagocytosis and eukaryogenesis // Biology Direct , 2009, V. 4, № 1, 9.

Muller F. et al. First description of giant Archaea (Thaumarchaeota) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat // Environmental Microbiology , 2010, V. 12, № 8, 2371–2383.

Pittis A. A., Gabaldon T. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry // Nature , 2016, V. 531, 101–104.

Baum D., Baum B. An inside-out origin for the eukaryotic cell // BMC Biology , 2014, V. 12, № 1, 76.

Baum D., Baum B. The world in a cell // New Scientist , 2015, V. 225, № 3008, 28–29.