Александр Марков - Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий

Пескоройка — личинка миноги — представляет собой, как и ланцетник, живую упрощенную схему типичного хордового. Она не сосет кровь у рыб, как многие взрослые миноги, а фильтрует воду через жаберные щели, подобно ланцетнику.

Как и следовало ожидать, каждая из 17 предковых хромосом превратилась в геноме его потомков (в том числе человека) в набор обрывков , рассеянных по разным хромосомам. Теперь мы подошли к самому главному. Оказалось, что каждый из 17 наборов в свою очередь подразделяется на четыре части. Например, набор, соответствующий предковой хромосоме № 8, в геноме человека состоит из девяти фрагментов ДНК. Они подразделяются на четыре группы (в трех группах по два фрагмента, в четвертой — три). Если сравнить между собой этих четыре группы фрагментов, то выясняется, что многие гены представлены в нескольких из них в виде паралогов(или паралогичных генов), по одному паралогу в группе. Паралогичные гены — это родственные гены, когда-то произошедшие от общего гена-предка в результате дупликации. Таким образом, каждая предковая хромосома превратилась в геноме позвоночных в четыре сходные между собой группы фрагментов ДНК . Сходство заключается в том, что если в одной группе есть какой-то ген, то в трех других с высокой вероятностью найдутся его паралоги. Это можно объяснить только тем, что на ранних этапах эволюции позвоночных действительно произошло учетверение генома — две последовательные дупликации. Гипотезу Оно, высказанную более 40 лет назад, наконец можно считать доказанной.

Дупликации произошли после того, как предки хордовых отделились от предков ланцетников и оболочников (их геномы не учетверены и не удвоены), и до того, как разошлись пути костных и хрящевых рыб. Скорее всего, первое удвоение произошло незадолго до, а второе сразу после разделения линий бесчелюстных (миноги, миксины) и челюстноротых (рыбы и наземные позвоночные). Эти линии разделились в раннем кембрии, примерно 530 млн лет назад.

Эволюционное дерево вторичноротых, основанное на последовательностях 1090 белков. Актиния и дрозофила использованы в качестве «внешних групп», асцидия и аппендикулярия представляют оболочников. Длина ветвей отражает количество аминокислотных замен. Из Putnam et al., 2008 .

Удвоение целого генома — далеко не уникальный случай в истории жизни. Еще одна полногеномная дупликация произошла 350 млн лет назад у предков костистых рыб; 40 млн лет назад то же самое случилось в одной из групп лягушек. Обычно после этого большинство «лишних» генов быстро теряется, и лишь некоторым из них находится новое применение. До тех пор пока два гена-паралога не начнут выполнять в организме разные функции, естественный отбор не может воспрепятствовать мутационной поломке или утрате одного из них.

Ученые составили список из 8437 генов, которые были у общего предка хордовых и сохранились хотя бы у некоторых современных позвоночных. Все эти гены в свое время учетверились, но большая часть появившихся паралогов была утрачена. Сохранились паралоги у 20–25 % генов. Среди генов, дубликаты которых «пригодились» ранним позвоночным, резко повышена доля тех, которые участвуют в регуляции транскрипции (гены — регуляторы активности других генов), в работе нервной системы, в регуляции эмбрионального развития и в передаче разнообразных сигналов. Это явно неслучайный выбор. Он хорошо согласуется с идеей о том, что геномные дупликации у предков позвоночных стали предпосылкой для последующей эволюции по пути усложнения.

Но повторим — естественный отбор не умеет заглядывать в будущее. Он не мог заранее знать, что позвоночные собираются эволюционировать именно в сторону усложнения. Здесь уместно вспомнить о механизме «ухода от адаптивного конфликта», о котором мы говорили выше. Не потому ли сохранились дубликаты генов-регуляторов, что уже у древнейших позвоночных эти гены были многофункциональными и не могли толком оптимизироваться для выполнения какой-то одной формообразующей функции? По-видимому, полногеномные дупликации предоставили позвоночным уникальную возможность быстро снять многие из накопившихся адаптивных конфликтов и, как следствие, избавиться от множества запретов, стоявших на пути морфологических преобразований.

Амплификация (увеличение числа копий гена; частным случаем амплификации является дупликация — удвоение) с последующим разделением функций между копиями — по-видимому, самый распространенный способ появления новых генов. Мы уже знаем, что новая функция может появиться у одной из копий как до, так и после амплификации. В обоих случаях обязательным этапом является закрепление полезных мутаций в одной или нескольких копиях размножившегося гена. Проблема в том, что полезные мутации должны появиться быстро — до того как избыточные копии гена будут безнадежно испорчены вредными мутациями. Иначе все вернется на круги своя и в геноме снова останется только одна рабочая копия гена плюс некоторое количество «мусора»— поврежденных мутациями псевдогенов(вышедших из строя, неработающих генов), в которые превратятся остальные копии.

Биологи из Швеции и США разработали теоретически ( Bergthorsson et al., 2007 ), а затем и экспериментально подтвердили ( Näsvall et al., 2012 ) сценарий появления новых генов, который они назвали ИАД (инновация — амплификация — дивергенция). Сценарий похож на уже знакомый нам уход от адаптивного конфликта, но имеет важное отличие. В сценарии ИАД амплификация сама по себе имеет адаптивный смысл: новообразованные копии гена с самого начала не являются избыточными. Они полезны, и поэтому отбор препятствует их порче. Это дает им время дождаться появления полезных мутаций. Главная хитрость тут в том, что амплификация гена увеличивает производство кодируемого им белка, а это, как правило, усиливает выполнение функций, за которые отвечает белок.

Схема ИАД показана на рисунке. У гена с основной функцией А появляется (или давно существует в качестве «побочного эффекта») дополнительная функция B, которая поначалу осуществляется с низкой эффективностью (и потому обозначается как b). Если эта побочная функция вдруг окажется полезной (например, из-за изменения условий среды), то отбор начнет поддерживать мутации, усиливающие эту функцию. Простейшим способом добиться этой цели, не нарушив функцию А, является амплификация бифункционального гена. Чем больше копий гена будет в геноме, тем больше будет молекул соответствующего белка и тем эффективнее станет осуществляться функция B. Таким образом, отбор будет поддерживать дупликации гена и защищать появляющиеся копии от мутационных повреждений. Заметим, что амплификация генов — весьма распространенная категория мутаций. Например, у бактерии Salmonella enterica , с которой работали исследователи, вероятность дупликации любого гена составляет примерно 10 −5на каждое клеточное деление [72].