Карл Циммер - Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни

Ученые обнаружили, что наряду с главной хромосомой у E. coli есть дополнительные кольцевые ДНК, получившие название плазмид. Плазмиды несут гены и некоторые из этих генов используют для собственного воспроизводства. А есть плазмиды, которые несут гены, позволяющие им перемещаться из одного микроорганизма в другой. Например, у E. coli штамма К-12 в плазмидах содержатся гены, в которых закодированы половые пили. Сойдясь, бактерии обмениваются копиями плазмидной ДНК, а также частью главной хромосомы.

Пока одни ученые составляли генетическую карту E. coli, другие пытались понять, как именно закодированная в генах информация превращается в белки. В вашингтонском Институте Карнеги исследователи давали E. coli аминокислоты, меченные радиоактивными изотопами, — строительный материал для белков. Через некоторое время эти аминокислоты скапливались вокруг особых округлых образований — так называемых рибосом, случайным образом разбросанных внутри бактерии. Свободные аминокислоты входили в рибосому, а выходили из нее готовые белки. Но это означало, что каким‑то образом инструкции, зашифрованные в ДНК E. coli, должны «сообщать» рибосомам, какие именно белки следует делать.

Оказалось, что у E. coli есть для этого особые молекулы. На первом этапе синтеза белка некий фермент [4] Этот фермент называется РНК — полимераза. — Прим. ред. должен прикрепиться к гену и проползти по всей его длине. При этом он выстраивает однонитчатую РНК — копию гена. Эта РНК, которую называют матричной, или информационной (мРНК), затем отправляется к рибосоме и доставляет свое генетическое послание.

Однако оставалось неясным, каким образом рибосома читает это послание. РНК, как и ДНК, содержит четыре типа нуклеотидов. Белки же, как известно, представляют собой комбинации 20 аминокислот. Ясно, что без «словаря» E. coli никак не смогла бы перевести инструкцию, записанную на языке генов, на язык белков.

В 1957 г. Фрэнсис Крик выдвинул гипотезу о том, что может представлять собой подобный «словарь». Он предположил, что каждая аминокислота кодируется последовательностью из трех нуклеотидов, получившей название кодона. Гипотеза Крика требовала экспериментальной проверки, и вскоре ученые из Национального института здоровья США Маршалл Ниренберг и Генрих Маттеи начали соответствующие опыты. Они тщательно растерли E. coli пестиком в ступке и разлили получившуюся массу по пробиркам. В каждую пробирку они добавили одну из аминокислот, а затем — синтезированную ими РНК, состоящую из нуклеотидов одного типа, с азотистым основанием урацилом (обнаруженным в РНК, но отсутствующим в ДНК) [5] В ДНК вместо урацила содержится тимин. — Прим. ред. . Таким образом, эта РНК содержала единственный повторяющийся много раз кодон. Ученые хотели посмотреть, опознает ли этот кодон одну из аминокислот.

В девятнадцати пробирках ничего не произошло. В двадцатой пробирке, содержавшей аминокислоту фенилаланин, — и только в ней — сформировался новый белок. Так Ниренберг и Маттеи перевели первое слово в словаре жизни — УУУ [6] У — обозначение урацила. — Прим. ред. , которое обозначало фенилаланин. За несколько последующих лет им и другим ученым удалось полностью расшифровать генетический код E. coli.

Расшифровав код E. coli, Маршалл Ниренберг и его коллеги попытались сравнить E. coli с животными. Они наполнили пробирки разрушенными клетками морской свинки и лягушки и добавили в них РНК. Оказалось, что оба вида использовали при строительстве белков тот же рецепт, что и E. coli. В 1967 г. Ниренберг и его коллеги объявили об открытии «по существу, универсального кода».

Ниренберг стал одним из лауреатов Нобелевской премии на следующий год. Дельбрюк получил свою премию годом позже. Ледерберг, Тейтем и многие другие ученые, работавшие над E. coli, тоже получили приглашения в Стокгольм. Скромная кишечная палочка привела их всех к славе и способствовала созданию новой науки, объединяющей все формы жизни и известной сегодня как молекулярная биология. Жак Моно, еще один нобелевский лауреат из числа работавших с E. coli, перефразировал известное утверждение Альберта Клюйвера по — новому; многие ученые и сегодня повторяют вслед за ним:

«Что верно для E. coli, верно и для слона».

С рождением молекулярной биологии олицетворением и главным признаком живого стали гены. В 2000 г. президент США Билл Клинтон объявил о том, что ученые завершили составление рабочего черновика структуры человеческого генома — последовательности нуклеотидов ДНК человека. Он заявил: «Сегодня мы познаем язык, на котором Бог создал человека».

Однако сами по себе гены мертвы, а их инструкции бессмысленны. Если каким‑то образом извлечь хромосому из клетки E. coli, то вне организма белки синтезироваться не будут. ДНК не сможет репродуцироваться. Эта хрупкая петелька попросту распадется. Так что познание генов живого организма — всего лишь первая ступень познания того, что для организма значит быть живым.

Многие биологи посвятили свою научную деятельность вопросу о том, что значит быть живой конкретно для E. coli. Вместо того чтобы выбрать какой‑либо иной вид и начинать все с нуля, эти ученые в своих исследованиях решили опереться на опыт предыдущих поколений исследователей. И такая стратегия привела к успеху. В 1997 г. была опубликована полная карта генома E. coli штамма К-12 с указанием расположения 4288 генов.

Благодаря накопленным за много лет знаниям о E. coli сегодня исследователю относительно несложно создать на ее основе мутантный штамм, у которого отсутствовал бы один из этих генов, а затем посмотреть по его поведению, чем управляет этот ген. И сегодня ученым известно назначение всех генов E. coli, за исключением примерно шестисот. Из сотен тысяч статей, посвященных E. coli, перед нами встает портрет живого существа, которое подчиняется законам и правилам, приложимым в той или иной форме к любому живому существу и к жизни вообще. Когда Жак Моно щеголял высказыванием о слоне и E. coli, он имел в виду лишь гены и белки. Но E. coli оказалась гораздо сложнее — и намного более похожа на нас, — чем могли предположить ученые его поколения.

Самый очевидный факт, который наблюдатель сразу замечает при взгляде на E. coli, — то, что ее вообще можно заметить. Это не туманное облачко молекул, а плотно заполненная упаковка, у которой есть внутренняя и наружная части. Вообще, границы жизни могут принимать самые разные формы. Человек обернут в мягкую кожу, а краб щеголяет в твердом наружном скелете. Секвойя отращивает снаружи кору, кальмар — слой плотной упругой ткани. E. coli окружена оболочкой толщиной всего лишь в несколько сотен атомов, но эту оболочку ни в коем случае нельзя назвать простой. На самом деле она состоит из нескольких слоев, причем каждый из них обладает собственной тонкой структурой и выполняет сложную задачу.