Анатолий Клёсов - Кому мешает ДНК-генеалогия?

До настоящего времени базис химической кинетики остается наименее строгим среди всех разделов физической химии. Однако значение кинетических методов в современной химии и биохимии неуклонно растет. В первую очередь это связано с тем, что хотя теория элементарного акта далека от совершенства, математический аппарат формальной кинетики и макрокинетики вполне строг и приводит к однозначным результатам. Не менее важно и то обстоятельство, что результаты кинетического эксперимента часто удается поставить в четкое соответствие с другими физико-химическими параметрами реагирующих систем и таким образом получить законченное описание химического или биохимического процесса.

Все сказанное в цитате выше относится и к методам ДНК-генеалогии.

Если речь о подходах к построению деревьев гаплотипов, то они нас вполне устраивают. Да, в последние годы появились варианты, которые могут быть приложены к построению деревьев гаплотипов, но зачем, с какой новой целью? Как говорит американская поговорка – «если не поломано, то не надо чинить». «Дискутанты», которые на Троицком рассуждали о более продвинутых (на их взгляд) методах построения деревьев, рассуждали как лаборанты. Для них был важнее процесс, «шашечки», а не результат. Ни в одном случае ими не было показано, что другие методы построения деревьев приведут к лучшему и более правильному разделению ветвей при наличии той же серии гаплотипов. Те, кто в этим действительно понимают, знают, что если есть два одинаковых гаплотипа, относящиеся к разным гаплогруппам или субкладам, то никакая на свете программа их не разделит по разным ветвям. Вероятность такого совпадения гаплотипов повышается при уменьшении протяженности гаплотипов. Именно потому мы стараемся строить деревья для 67– или 111-маркерных гаплотипов. Это – значительно важнее, чем любые программы построения.

Когда я вижу, что дерево четко разделяет серии гаплотипов по субкладам, мне не нужны никакие новые программы. Для лаборантов по духу (типа «дискутантов» Веренича, Запорожченко, Касьяна) важно, как закладывать в матрицу гаплотипы, а мне важен конечный результат, и как он проверяем независимыми методами.

Пример: В. Веренич дал в дискуссии на «Троицком» линк на свой новый материал, под названием «Актуальные проблемы изучения так называемого динарского кластера гаплогруппы I2a» (20 января 2015). Я ознакомился. В общем, что и ожидал -41 страница невразумительной трескотни, с банальными выводами. На этих страницах Веренич обсуждает «филогенетический анализ», «генегеографический анализ», «картографический анализ», «анализ генетической изменчивости», и что? А ничего. Генерация шума ради генерации шума. И вот свидетельства. Еще в январе 2010 года, пять лет назад, я опубликовал развернутую статью «Гаплогруппа I» [267], эта же статья с дополнениями пошла в книгу «Происхождение человека» (2010), и в ноябре 2012 года вышла статья «Динарская (восточно-европейская) и «островные» ветви гаплогруппы I2a» [268]. Как видим, у Веренича в 2015 году даже название практически то же самое, что у моей статьи 2012 года. Разумеется, ссылок на мои статьи нет, но, зная Веренича, другого я и не ожидал. Его статья – пересказ моих статей, но в гораздо худшем исполнении. Не зная и не понимая констант скоростей мутаций, он свалил в кучу их от разных авторов, начиная от тех, кто использовал «константы Животовского», и всех других, всего 20 разных «скоростей мутаций», которые дали датировки от 1700 до 3475 лет «до общего предка», и взял от них среднюю. Ну не профанация ли?! Затем занялся «индексами стандартного разнообразия» и «индексами молекулярного разнообразия» для 21 этноса Европы, которые никому не нужны, как и ему, потому что больше это он нигде не использовал. Типичный прием попгенетиков – «что вижу, о том и пою». И в каком виде он их излагал? А все в том же – 0.з66959±0.259787, 0.213596±0.1333580, и так десятки раз. Это говорит об отсутствии у него математической подготовки и об отсутствии здравого смысла.

Таблицы заполнены «многомерным шкалированием», тестом Мантеля, пермутациями по методу Монте Карло, и для чего? Чтобы получить мои же результаты трехлетней давности. Смотрим на мою статью 2012 года. Разделы – «Динарская восточноевропейская ветвь, I2a1b-M423», «Первая атлантическая ветвь, I2a1a-M26», «Вторая анлантическая ветвь, I2a1c-L233», «Третья атлантическая ветвь, она же «разорванный «динарский» субклад I2a1b-M423». Смотрим возраст первой, по сути славянской, общий предок жил 2350±250 лет назад. И дальше я пишу – «Эта ветвь отличается тем, что все до одного гаплотипы Балканских стран (Сербии, Хорватии, Македонии, Словении, Боснии и Герцеговины, Болгарии, Черногории), а также России, Украины, Белоруссии, Польши, Чехии, Словакии, Венгрии, Литвы, Латвии, Греции из списка в 395 гаплотипов находятся в динарской ветви, I2a1b (L147.2). Остальные ветви почти исключительно занимают гаплотипы из Англии, Ирландии, Шотландии».

Иначе говоря, от Греции до Балтики – один предковый гаплотип, один общий предок. А Веренич, не понимая этого и не видя очевидного, стал применять «тест Мантеля», и получил вывод «Результаты теста Мантеля говорят о том, что в выборке (L147.2) не наблюдается статистически значимой корреляции между географической и генетической дистанцией». Да уж, какая там корреляция, когда один предковый гаплотип от Греции до Балтики. Возраст этой ветви I2a – у меня в публикации 2350±250 лет назад, у Веренича – 2757±404 года, перекрывается в пределах погрешности, но статья на три года позже. И опять – никаких ссылок на мои работы и расчеты, хотя он их прекрасно знает. Про то, что у него опять погрешности в сотнях лет, а главное число – с точностью до единицы лет (расстояние до времени жизни общего предка!), уж не будем повторять. Безграмотность Веренича пределов не знает.

Так вот, о деревьях. Помогли они Вереничу? А уж расписаны в его статье на нескольких страницах. Там и минимальные связные графы, и редукция штейнеровских деревьев, и алгоритм Force Atlas 2 программы Gephi, и тест на молекулярную дисперсию AMOVA, и филогенетический старкластер, только все бестолку, поскольку применялись короткие 16-маркерные гаплотипы, а в базах данных уже давно сотни 67– и 111-маркерных гаплотипов. В итоге гора родила мышь, а то и просто пшик: получена датировка с погрешностью 15 %, а я в одно касание без всяких трехстраничных лаборантских рассуждений получаю датировку с лучшей точностью, и это три года назад. И что тогда стоят разглагольствования Веренича на «Троицком» о том, как важно работать с деревьями гаплотипов, оптимизуя их для большой точности?

Так что, отвечая на исходный вопрос – нет в методах ДНК-генеалогии тех «недостатков», которые критики так хотели бы видеть. Нормальные методы, работающие, решающие поставленные задачи.