Анатолий Клёсов - Кому мешает ДНК-генеалогия?

Пример такой работы – исследование 2013 года (Forensic Science International: Genetics. 7, 568–572), в авторах которого Chris Tyler-Smith, один из ведущих популяционных генетиков мира, и журнал один из ведущих. Я немедленно написал критическую статью в тот же журнал, и началась типичная для попгенетиков ситуация. Полгода ответа от журнала вообще не было. Я написал напоминание. После этого пришла одна рецензия, совершенно уклончивая, суть которой состояла в том, что несправедливо критиковать исследование, в котором используются мутации, определенные по парам отец-сын, поскольку многие их применяют. Поэтому моя статья быть принята не может. Я написал ответ, выразив возмущение сроками рецензии – более полугода, а также тем, что рецензент всего один, и само замечание неквалифицированное.

Через месяц пришла еще одна рецензия, в которой опять предлагалось снять критику за использование «скоростей мутаций» по парам отец-сын, снять таблицу, в которой показано, что значительная часть маркеров, используемых в работе Tyler-Smith, основывается всего на нескольких мутациях в парах отец сын. Так, по данным Ballantyne [271], в маркере DYS448 мутаций вообще не было (в 1747 парах отец-сын), в DYS438 прошла всего одна мутация (в 1751 паре), маркере DYS643 две мутации (в 1773 паре), и так в шести маркерах из 21, используемых в работе, более четверти. Помимо того, в работе использовались печально известные «популяционные скорости Животовского», которые вообще завышали датировки в три раза. Я ответил, что ничего снимать не буду. После этого получил письмо уже от главного редактора с приложением еще одной рецензии. Суть ее была в том, что несправедливо критиковать именно эту статью, и особенно несправедливо по отношению к Tyler-Smith, поскольку то, о чем я пишу, характерно по отношению буквально ко всем статьям популяционных генетиков, и почему начинать именно с Tyler-Smith? Поэтому мне предлагалось вообще снять всю критику данной статьи, и написать общую статью по мутациям в гаплотипах. Я отказался, написав, что сначала пусть они публикуют эту критическую статью, а потом обсудим более общую статью. После этого в течение года редактор мне периодически напоминал, что они ждут общую статью, но о критической статье не упоминал. Но я уже не отвечал. Такое отношение к авторам мне не подходит. И после этого попгенетики еще мне высказывают претензии, что я не публикуюсь в журналах по популяционной генетике. Нет уж, меня ангажированные издания не устраивают.

Резюмирую то, чего не понял Балановский. «Прямой подсчет» числа мутаций по парам отец-сын не подходит по ряду причин. Одна из них продемонстрирована выше – в объемной работе Ballantyne и др (2010) [272]из 111 маркеров данных не было получено для 24 маркеров, а для 56 данные совершенно ненадежны. Какая константа скорости для маркера, когда за поколение в маркере прошла всего одна мутация? Как константу будем рассчитывать? А если прошло всего 2–3 мутации, как константу рассчитывать будем? При погрешности в 70»-100 %? Пробовали бросить монету три раза, и по результатам рассчитать вероятность выпадения орла или решки?

А попгенетики так и не поняли, что эти данные по парам отец-сын для расчетов вообще непригодны. Возьмем, например, опять те же данные Ballantyne [273], потому что они самые массовые в одном эксперименте. В маркере DYS393, весьма «медленном», у 1750 пар отец-сын прошли три мутации, а в маркере DYS390, намного более «быстром», у 1758 пар прошли две (!) мутации, то есть маркер оказался как бы более медленный, что есть нонсенс. Любой, кто работает с гаплотипами, знает, что в DYS390 проходит больше мутаций, чем в DYS393. Вот пример – среди 3466 гаплотипов субклада R1b-L21 в маркере DYS393 от общего предка прошло 232 мутации, а в маркере DYS390 – 1164 мутации, в пять раз больше. А по парам отец-сын у Ballantyne – наоборот, 3 и 2 мутации, соответственно. Можно на основании расчетов по таким данным на что-то надеяться? Нет, конечно, и понятно, почему – статистика не та. Мало для расчетов 1700 пар отец-сын, очень мало. А Балановский, не имея понятия, пишет – «при больших выборках», «достаточное количество». Так какие выборки нужны? Какое количество достаточно, о чем Балановский, конечно, не знает? Уровень не тот.

Отвечу. Если даже взять 100 тысяч пар отец-сын, то те маркеры, у которых константа скорости мутации меньше чем 0.0001 мутаций на маркер на поколение, все равно покажут плохую статистику, у них в среднем будет наблюдаться меньше, чем 10 мутаций на поколение для всех этих 100 тысяч пар. То есть погрешность определения константы скорости мутации для них в лучшем случае в среднем будет ±32 %. Но это только для тех, у которых константа скорости 0.0001. А таких, с константами 0.0001 и меньше, в 111-маркерной панели девять маркеров, из них пять – в 67-маркерной панели (показана константа скорости на маркер за условное поколение в 25 лет):

DYS472 0.000008

DYS436 0.000040

DYS425 0.000042

DYS568 0.000050

DYS490 0.000070

DYS426 0.000090

DYS455 0.000100

DYS632 0.000100

DYS494 0.000100

Кстати, для всех этих девяти маркеров в серии из 1500–1800 пар отец-сын (Ballantyne, 2010) не наблюдалось ни одной мутации. То есть их данные опять неприменимы для расчетов.

А для DYS472 и 100 тысяч пар-отец-сын недостаточно и для наблюдения хотя бы одной мутации. Там маркер мутирует в среднем раз в 125 тысяч поколений, то есть раз на 125 тысяч пар отец-сын. В общем, меньше чем полумиллионом пар не обойтись, лучше – миллион пар отец-сын. Это, конечно, практически нереально.

Но и там без калибровки не обойтись, несмотря на неквалифицированное заявление Балановского – «прямой подсчет и калибровка». Как мы видим, в ряде случаев в парах отец-сын наблюдаются ошибки, как показано выше. Или надо без всякой проверки их в дело пускать? Нет, придется все равно калибровать по известным генеалогиям или историческим событиям. И еще проблема, которую Балановский опять затронул, как всегда, уклончиво, нечетко, мутно. В парах отец-сын константы получаются в расчете на поколение. А в исторических науках на поколение не считают, нужно пересчитывать в года. А как? Популяционные генетики эту проблему так и не решили, см. следующий раздел. Так что в этом отношении пары отец-сын практически бесполезны. Польза, конечно, есть, но не для расчетов. Польза «концептуальная», просто посмотреть, какой порядок скоростей мутаций, и убедиться, что он «разумный». Вот, пожалуй, и вся польза. Но попгенетики до этого не додумываются.

Балановский пишет, что «таких исследований было проведено немало… результаты всех этих работ совпали, что является важнейшим подтверждением корректности этой оценки частоты мутаций». Ничего подобного, везде наблюдается разнобой. Балановского всегда приходится ловить за руку. Выше уже показано, какая там «корректность». Хорошо, сравним данные тех же Ballantyne и др. (2010) [274]и большой, сводный список (по разным авторам) Burgarella и др. (2010), взяв для примера первые несколько маркеров из первой панели. Опять, чтобы не загромождать читателя информацией, полезной больше для специалистов, вынесем это во врезку на странице. Кого детали не интересуют, можно пропустить, не читая. Для них просто сообщу, что «частоты мутаций» у разных авторов по парам отец-сын различаются в два раза и более, и для расчетов они неприменимы. Никаких «совпали» и «корректности» там нет и близко. Балановский опять вводит в заблуждение, или попросту лжет.