Мартин Блейзер - Жизнь после антибиотиков. Чем нам грозит устойчивость бактерий к антибиотикам и нарушение микрофлоры

«…с 1950 года заболеваемость диабетом возросла на 550 %»(см. с. 7): В развитых странах заболеваемость ювенильным (1 типа) диабетом стабильно растет. (V. Harjutsalo et al., “Time trends in the incidence of type 1 diabetes in Finnish children: a cohort study,” Lancet 371 [2008]: 1777– 82.) Хотя, после почти пятидесяти лет стабильного роста и недавнего периода ускоренного роста заболеваемость выходит на более ровный уровень, возможно – благодаря достижениям здравоохранения. (V. Harjutsalo et al., “Incidence of type 1 diabetes in Finland,” Journal of the American Medical Association , 310 [2013]: 427–28.) В мировых масштабах ежегодный рост заболеваемостью диабетом 1 типа сейчас составляет около 3 %. (P. Onkamo et al., “Worldwide increase in incidence of Type I diabetes– the analysis of the data on published incidence trends,” Diabetologia 42 [1999]: 1395–403.)

«…почти не отличается от взрослой»(см. с. 10): T. Yatsunenko et al., “Human gut microbiome viewed across age and geography,” Nature 486 (2012): 222– 27. В этом исследовании, сравнив кишечную микробиоту жителей США, Малави и Венесуэлы (индейцев), ученые обнаружили, что состав микробов у младенцев и взрослых заметно отличается. Но чем старше становились дети, тем больше их микробиомы стали напоминать «взрослые». Что важно, этот процесс завершается в три года. Переход от отсутствия микробиоты ко взрослой микробиоте полностью происходит в раннем детстве, с развитием функций ребенка-носителя.

«исчезающей микробиотой»(см. с. 10): Гипотеза «исчезающей микробиоты» развивалась в течение многих лет. Несколько моих ключевых работ, посвященной этой теме: “An endangered species in the stomach,” Scientifi c American 292 (February 2005): 38–45; “Who are we? Indigenous microbes and the ecology of human disease,” EMBO Reports 7 (2006): 956– 60; вместе с моим очень уважаемым коллегой Стэнли Фэлкоу, “What are the consequences of the disappearing microbiota?” Nature Reviews Microbiology 7 (2009): 887–94; “Stop killing our benefi cial bacteria,” Nature 476 (2011): 393–94.

«мантию-невидимку»(см. с. 12): Открыть механизмы невидимости Campylobacter fetus удалось благодаря серии экспериментов, продолжавшихся почти двадцать лет. Несколько ключевых работ: M. J. Blaser et al., “Susceptibility of Campylobacter isolates to the bactericidal activity in human serum,” Journal of Infectious Diseases 151 (1985): 227–35; M. J. Blaser et al., “Pathogenesis of Campylobacter fetus infections. Failure to bind C3b explains serum and phagocytosis resistance,” Journal of Clinical Investigation 81 (1988): 1434–44; J. Dworkin and M. J. Blaser, “Generation of Campylobacter fetus S-layer protein diversity utilizes a single promoter on an invertible DNA segment,” Molecular Microbiology 19 (1996): 1241–53; J. Dworkin and M. J. Blaser, “Nested DNA inversion as a paradigm of programmed gene rearrangement,” Proceedings of the National Academy of Sciences 94 (1997): 985–90; Z. C. Tu et al., “Structure and genotypic plasticity of the Campylobacter fetus sap locus,” Molecular Microbiology 48 (2003): 685–98.

«…и домашняя кошка ( Felis catus )»(см. с. 13): К сожалению, таксономия часто бывает сложной, потому что наши домашние кошки также относят к виду Felis silvestris , диких лесных кошек, а то и вовсе называют F. silvestris f. catus . Впрочем, как кошку ни назови, она будет мяукать.

«…есть естественная защита» от него…»(см. с. 13): Основываясь на нашем изучении разновидностей кампилобактерий и реакций на них организмов-носителей, мы начали изучать то же самое и для желудочного кампилобактер-подобного организма (ЖКПО), который какое-то время называли Campylobacter pyloridis , потом – Campylobacter pylori , а затем наконец у него появилось нынешнее имя, Helicobacter pylori . Вот наши первые статьи об этом: G. I. Pérez – Pérez, and M. J. Blaser, “Conservation and diversity of Campylobacter pyloridis major antigens,” Infection and Immunity 55 (1987): 1256–63; and G. I. Pérez-Pérez, B. M. Dworkin, J. E. Chodos, and M. J. Blaser, “ Campylobacter pylori antibodies in humans,” Annals of Internal Medicine 109 (1988): 11–17. Эти исследования помогли нам разработать анализ крови (на котором основаны большинство современных подобных анализов в США), чтобы определить, есть ли в желудке пациента H. pylori .

«Хорошая H. pylori – мертвая H. pylori »(см. с. 13): В ответ на мою статью в Lancet (M. J. Blaser, “Not all Helicobacter pylori strains are created equal: should all be eliminated?” Lancet 349 [1997]: 1020–22) Дэвид Грэхэм написал письмо в редакцию: «Хорошая Helicobacter pylori – мертвая Helicobacter pylori » ( Lancet 350 [1997]: 70–71). Это стало доминирующей идеей нынешней эпохи.

«…нормальной микрофлоры нашего кишечника»(см. с. 13): Флора – это старое название бесчисленной совокупности микроорганизмов, живущих в людях. Когда-то мы называли их «нормальной флорой». Но бактерии – не растения, и микроорганизмы, живущие в нас, очень малы и разнообразны. Теперь мы называем эти микроорганизмы нашей микробиотой . А все отношения между микробиотой и нами, а также членов микробиоты между собой, называются микробиомом .

«…и вы сотрете всю человеческую историю»(см. с. 18): J. McPhee, Basin and Range, book 1 in Annals of the Former World (New York: Farrar, Straus & Giroux, 1998).

«…за несколькими исключениями, лишь подтверждающими правило»(см. с. 18): H. N. Schulz et al., “Dense populations of a giant sulfur bacterium in Namibian shelf sediments,” Science 284 (1999): 493–95. Но такие большие микробы – аномалия в мире, где доминируют микроскопические формы.

«…между нами и кукурузой»(см. с. 19): N. Pace, “A molecular view of microbial diversity and the biosphere,” Science 276 (1997): 734– 40. Карл Вёзе, Норман Пэйс и другие считают, что бактерии – первая форма жизни, зародившаяся на Земле.

«…240 миллиардов африканских слонов»(см. с. 20): W. B. Whitman et al., “Prokaryotes: The unseen majority,” Proceedings of the National Academy of Sciences 95 (1998): 6578–83; J. S. Lipp et al., “Signifi cant contribution of Archaea to extant biomass in marine subsurface sediments,” Nature 454 (2008): 991–94; M. L. Sogin et al., “Microbial diversity in the deep sea and the underexplored ‘rare biosphere,’ ” Proceedings of the National Academy of Sciences 103 (2006): 12115–20.

«…отбор в действии»(см. с. 21): Бактерии, поедающие пластик. T. Suyama et al., “Phylogenetic affi liation of soil bacteria that degrade aliphatic polyesters available commercially as biodegradable plastics,” Applied and Environmental Microbiology 64 (1998): 5008–11; E. R. Zettler et al., “Life in the ‘plastisphere’: microbial communities on plastic marine debris,” Environmental Science and Technology 47 (2013): 7137–46.

«…воды и бактерий – множества бактерий»(см. с. 22): T. O. Stevens and J. P. McKinley, “Lithoautotrophic microbial ecosystems in deep basalt aquifers,” Science 270 (1995): 450–54.

«…распространенной кишечной бактерии E. coli» (см. с. 23): Формальное название E. coli – Escherichia coli , в честь Теодора Эшериха, немецкого врача, открывшего ее в 1885 году в фекалиях здоровых людей и назвавшего Bacterium coli commune . В начале XX века ее переименовали в Escherichia coli . Хотя это самая известная бактерия в человеческом желудочно-кишечном тракте, на самом деле она обычно составляет не больше тысячной доли всех присутствующих в кишечнике бактерий. Поскольку E. coli очень легко вырастить в культуре, она стала модельным организмом для изучения биологии, биохимии и генетики клеточной жизни. У многих из пяти тысяч генов E. coli есть аналоги в человеческом теле.