Lokky - Хакеры сновидений: Архив 1-6

Кроме того на правильность трансляции ("пересчет" кода ДНК на аминокислотную последовательность), указывает сам текст такого перевода, уже имеющегося в сообщении Node!!! Эти данные помещены в разделе /translation и позволяют убедиться в том, что терминатор в цепи наличествует.

Давайте вместе с вами вручную оттранслируем участок вблизи 1372-го нуклеотида. Для этого возьмем строку из сообщения Node, которая начинается с номера 1321,

1321 gatgagcttc gagagtccat tgaaattatt aacaagacca tcttgtcttt ctgagggtag

распишем ее на триплеты, а справа допишем расшифровку. Получим:

1321 gat - D - asp - аспарагиновая к-та

1324 gag - E - glu - глутаминовая к-та

1327 ctt - L - leu - лейцин

1330 cga - R - arg - аргинин

1333 gag - E - glu - глутаминовая к-та

1336 tcc - S - ser - серин

1339 att - I - ile - изолейцин

1342 gaa - E - glu - глутаминовая к-та

1345 att - I - ile - изолейцин

1348 att - I - ile - изолейцин

1351 aac - N - asn - аспарагин

1354 aag - K - lys - лизин

1357 acc - T - thr - тирозин

1360 atc - I - ile - изолейцин

1363 ttg - L - leu - лейцин

1366 tct - S - ser - серин

1369 ttc - F - phe - фенилаланин

1372 tga - STOP

1375 ggg после стопа трансляция прекращена

1378 tag

... и далее мура до самого конца ...

2011 gtc

Теперь выписываем однобуквенный код аминокислот из третьего столбца ручной трансляции, который у нас получился. Имеем:

DELRESIEIINKTILSF - далее останов.

Осталось сравнить с концовкой аминокислотного кода, приведенного самим Node:

VCLRLRDNGLLAKPTHGDIIRFAPPLVIKEDELRESIEIINKTILSF

Концовки совпали! Как видите трансляция закончилась на последней аминокислоте F (фенилаланин), которой соответствует триплет с номерами 1369-1371. Следующая тройка 1372-1374 уже не транслируется, она - терминатор.

Таким образом транслируемая (информативная) часть генома закончилась на 1374-ом нуклеотиде, а ведь всего было приведено 2013 штук! Следующие за терминатором оставшиеся 640 нуклеотида ничего уже кодировать не могут. Их научное название - "3'-некодируемый регион". Ясно, что дальнейшее его удлиннение не приведет к изменению результата трансляции.

Аналогичную процедуру ручного транслирования можно было привести и для начальной части кода, однако в этом нет никакой необходимости, т.к. искомую информацию можно извлечь из текста все того же сообщения Node (15-ая строка сверху):

CDS 55..1374

Эта неказистая строчка дает информацию о размере транслируемой части генома. Согласно ей, информационная часть начинается с 55-го нуклеотида и кончается 1374-ым (терминатор включен в подсчет). Это целиком совпадает с результатом ручной трансляции (приведенной мною здесь), а так же с теми выводами, которые я приводила в прошлом сообщении.

P.S. А не много ли мы с вами уделяем внимания проделкам Node? Вы - в попытках доказать, что все его слова чистая правда, а я - доказывая, что в них правды нет? Тем более, что все это не более, чем веселый розыгрыш того, кто даже не понимает предмета нашего обсуждения.

----

Pipa

Хитрый Лис написано:12-12-2003 00:45:32 107

Pipa,чой-то я не понимаю твоей расшифровки. Не объяснишь, почему, скажем, в строке 1321 gat - является аспаргиновой к-й, а не лейцином, как следует из таблицы кодонов? Так же и по другим триплетам. Я потому и не согласился с твоим наездом на Сеть, что кодоны ATG и TGA кодируют соответственно тирозин и треонин. В цепочке ДНК стартовым и терминальным кодонам должны соответствовать кодоны ATT, ATC, ACT. В РНК им должны соответствовать кодоны UAA, UAG, UGA. Так почему ты называешь стартовым и терминальным кодоном кодоны ATG и TGA? И еще: если Netty приводит код РНК, то почему в этом коде Т, а не U?

Хитрый Лис написано:12-12-2003 01:23:21 108

Pipa - если принять, что это все-таки РНК, то все совпадает. Непонятно только, почему урацил заменили тимином, это все запутало. В общем, ты права, это приходится признать. Я тоже уважаю факты.

Pipa написано:12-12-2003 02:22:09 109

Хитрый Лис: Не объяснишь, почему, скажем, в строке 1321 gat - является аспаргиновой к-й, а не лейцином, как следует из таблицы кодонов?

Ну нельзя же и в самом деле быть таким хитрым, чтобы так упираться :-). Отвечу коротко:

1) Вот вам таблица, ПРЯМО переводящая код ДНК в сооветствующие аминокислотные последовательности, минуя все промежуточные стадии транскрипции - Amino Acids Table. Самая верхняя табличка. Видите? В 4-ой строке читаем:

D Asp Aspartic GAT,GAC

Это и есть ответ на ваш вопрос отчего "gat" это аспарагиновая к-та, а не лейцин.

2) Зачем ломиться в открытую дверь, если в том же сообщении Node информативный генетический код УЖЕ оттранслирован? Результат трансляции приведен после ключа /translation. И этот результат полностью совпадает с моим способом расшифровки и находится в полном соответствии с данными той таблицы, ссылку на которую я вам только что дала.

3) Не могли бы вы чуточку повежливей задавать свои вопросы? А то я могу подумать, что мой анализ данных Node вас лично глубоко обидел.

P.S. Извините, ваше сообщение #108 не было мною прочитано к тому времени, когда я писала это. Пункт 3 можете не читать.

----

Pipa

Хитрый Лис написано:12-12-2003 10:47:27 110

Pipa, я стараюсь быть объективным. Если я ошибаюсь, я это признаю. У меня есть большое желание разобраться в методиках ХС, что я и пытаюсь делать. В зачет здесь идут только факты. На данный момент я успел поработать с ПМ и могу сказать: там есть какая-то реальная основа. Можно называть это гадальной машиной или еще как, но цепочки событий работают и это трудно не заметить. Могу добавить, что работают не всегда и в причинах этого тоже приходится разбираться. Тем не менее, факты налицо, я не могу все объяснить простым совпадением. Когда ты выполняешь ЦС и мир откликается на твои действия, это напоминает волшебство. Всё это есть, Pipa, и я не могу этого не замечать. Возьмем теперь ситуацию с Netty. Да, ты права, с вирусом перепрошивки она, похоже, чегой-то напортачила (хотя я не генетик и мне сложно поставить окончательный диагноз). Но давай будем более непредвзяты и вместе со всеми спокойно и доброжелательно доведем проект до конца, хотя бы ради спортивного интереса. У меня, по карйней мере, есть еще несколько вопросов, которые я бы хотел задать.

P.S.: это ничего, что я на "ты"? Просто мне не очень нравится это приторное "выканье". Но ежели чего, могу исключительно на "Вы", еще и с большой буквы.

Loth написано:12-12-2003 11:56:37 111

А мне это нравится! Приятнее смотреть на работу ума, чем на вопли обиженного эго. Давайте, Пипа, действуйте в том же духе. Только с "обманом" и "ложью" не перегибайте палочку. И не стравливайте нас с Ксендзюком. Что это вы сабжик такой накатали: