Крейг Вентер - Жизнь на скорости света. От двойной спирали к рождению цифровой биологии

Автор не вполне точен. Российская часть остаточных запасов вируса оспы хранится не в Москве, а в Государственном научном центре вирусологии и биотехнологии «Вектор» в г. Кольцово близ Новосибирска.

Малая оспа (белая оспа, аластрим) – заболевание, вызываемое южноамериканской разновидностью вируса оспы. По клиническим и эпидемиологическим показателям очень сходно с обычной оспой, но в большинстве случаев протекает легче и не оставляет рубцов на коже.

Цитата из Фрэнсиса Бэкона, писавшего, что цель науки – расширение власти человека над природой, «покуда все не станет для него возможным».

«Мусор на входе – мусор на выходе» (Garbage In, Garbage Out, GIGO) – принцип информатики, означающий, что результат обработки неточных или неверных исходных данных неизбежно также будет неточным или неверным, как бы совершенна ни была процедура обработки.

Каждые три нуклеотида в этой записи соответствуют определенной аминокислоте, входящей в состав природных белков. Таких аминокислот всего 20, каждая из них, помимо традиционного химического названия (глицин, аланин и т. д.), обозначается одной из букв латинского алфавита (см. приложение). Этим и воспользовалась группа Вентера, кодируя свои подписи. Если заменить тройки нуклеотидов (кодоны) буквенными обозначениями соответствующих аминокислот, получится надпись LTSNCRAIGVENTERLTSstop. В ее середине (символы 5–15) можно прочесть имя автора – Craig Venter . Символы 1–4 и 16–18 – «тэги», обозначающие начало и конец «водяного знака». Последнему кодону TAA не соответствует никакая аминокислота – это стоп-кодон, знак окончания считывания.

Кб – «килобаза», т. е. тысяча оснований.

Описываемый эксперимент был проведен Шпеманом в 1901 году.

Риккетсии – обширная группа мелких альфа-протеобактерий, значительную часть которой составляют внутриклеточные паразиты. К риккетсиям относятся, в частности, возбудители сыпного тифа и пятнистой лихорадки Скалистых гор.

В данном случае речь идет о кодоне в матричной РНК, с которой непосредственно считывается белок. В смысловой цепочке ДНК этому кодону соответствует кодон АЦТ.

FIGE – гель-электрофорез в инвертируемом поле.

То есть геномы из 10 искусственных и одного природного фрагмента.

Здесь: совершенства ( фр. ).

Это не совсем верно. Представление о том, что живые организмы не только содержат клетки, но и целиком состоят из них, утвердилось только в XIX веке.

Рибонуклеаза P – комплексный фермент, состоящий из соединенных вместе молекул РНК и белка. Сидней Альтман показал, что РНК-компонент рибонуклеазы P способен выполнять функции фермента (разрезать другие молекулы РНК) и в отсутствие белка.

Транскриптом – совокупность всех молекул РНК данной клетки или организма; протеом – совокупность всех белковых молекул, метаболом – совокупность всех низкомолекулярных соединений, являющихся конечными продуктами обмена веществ (метаболизма).

Домен – крупный участок белковой молекулы, складывание которого во вторичную структуру происходит независимо от других участков. Как правило, домен обладает собственной функцией.

Имеются в виду гены, обеспечивающие апоптоз – запрограммированное самоуничтожение клеток с сильно уклоняющимися свойствами (например, вступивших в процесс злокачественного перерождения).

Этот белковый комплекс часто называют просто «лизин» ( lysin ), но в русском переводе такое название создало бы путаницу, поскольку точно так же называется одна из штатных аминокислот ( lysine ).

Спасибо Патрику Каннингему, главному научному консультанту правительства Ирландии, за то, что указал на это. – В дальнейшем примечания автора обозначаются в тексте цифрами и приводятся в конце книги. Примечания переводчика обозначены астериском (*) и даны внизу соответствующих страниц.

Walter J. Moore. Schrödinger: Life and Thought (Cambridge University Press, 1989), стр. 66.

Timofeeff-Ressovsky, Nikolai V., Karl G. Zimmer, Max Delbruck (1935). “Uber die Natur der Genmutation und der Genstruktur” [“On the Nature of Gene Mutation and Gene Structure”]. Nachrichten von der Gesellschaft der Wissenschaften zu Gottingen , Mathematisch-physikalische Klasse, Fachgruppe VI, Biologie, Neue Folge, 1, 13, стр. 189–245.

Dawkins, Richard (1995). River Out of Eden . New York: Basic Books. ISBN0–465–06990–8.

Kimura, Motoo (1961). “Natural selection as the process of accumulating genetic information in adaptive evolution.” Genetical Research , 2, стр. 127–140.

Brenner, Sydney. “Life’s Code Script.” Nature 482, стр. 461, 23 февраля 2012.

Kress, W. J., and D. L. Erickson (2008). “DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics.” PNAS1 05 (8), стр. 2761–2762.

Qian, Lulu, and Erik Winfree. “Scaling Up Digital Circuit Computation with DNA Strand Displacement Cascades.” Science, 3 июня 2011, 332 (6034), стр. 1196–1201.

Church, George M., Yuan Gao, and Sriram Kosuri. “Next-Generation Digital Information Storage in DNA.” Science 28, сентябрь 2012, 337 (6102), стр. 1628. Опубликовано онлайн 16 августа 2012.

http://edge.org/conversation/what-is-life

Benner, Steven. Life, the Universe… and the Scientific Method (2009), стр. 45.

http://archive.org/stream/dynamicslivingm00loebgoog#page/n6/mode/2up

Lemov, Rebecca. World as Laboratory (2005). Hill and Wang.

Книга была опубликована в 1627 году, через год после смерти Бэкона.

http://oregonstate.edu/instruct/phl302/texts/bacon/atlantis.html

With the new knowledge acquired by science, the enlightened mind no longer needs to see the fabrication of protoplasm in order to be convinced of the absence of all essential difference and all absolute discontinuity between living and not-living matter.

Некоторые описывают Берцелиуса как виталиста, но, как указывает Джон Брук, с этим утверждением надо быть поосторожнее. John H. Brooke: “Wöhler’s Urea and its Vital Force – a verdict from the Chemists.” Ambix 15 (1968), 84.114.

Цитата из The Life and Work of Friedrich Wöhler (1800–1882) . Edited by Johannes Buttner. Edition Lewicki-Buttner, vol. 2. Verlag T. Bautz GmbH. E-book.

“…denn ich kann, so zu sagen, mein chemisches Wasser nicht halten und mus Ihnen sagen, das ich Harnstoff machen kann, ohne dazu Nieren oder uberhaupt ein Thier, sey es Mensch oder Hund, nothig zu haben.” Otto Wallach, editor, Briefwechsel zwischen J. Berzelius und F. Wöhler (Leipzig: Engelmann, 1901), vol. 1, стр. 206.

The Life and Work of Friedrich Wöhler (1800–1882) . Edited by Johannes Buttner. Edition Lewicki-Buttner, vol. 2. (Kindle Locations 1927–1933.) Verlag T. Bautz GmbH. Kindle Edition.

http://www.biodiversitylibrary.org/item/46624#page/20/mode/1up

Ramberg, Peter J. “The Death of Vitalism and the Birth of Organic Chemistry: Wöhler’s Urea Synthesis and the Disciplinary Identity of Organic Chemistry.” Ambix , Vol. 47, Part 3, ноябрь 2000, стр. 174.

Lehrbuch der organischen Chemie (Учебник по органической химии).