Крейг Вентер - Жизнь на скорости света. От двойной спирали к рождению цифровой биологии

Smith, Lloyd M., Jane Z. Sanders, Robert J. Kaiser, Peter Hughes, Chris Dodd, Charles R. Connell, Cheryl Heiner, Stephen B. H. Kent & Leroy E. Hood. “Fluorescence detection in automated DNA sequence analysis.” Nature 321, стр. 674–679 (12 июня 1986).

Adams, M. D., J. M. Kelley, J. D. Gocayne, M. Dubnick, M. H. Polymeropoulos, H. Xiao, C. R. Merril, A. Wu, B. Olde, R. F. Moreno, et al. “Complementary DNA sequencing: Expressed sequence tags and human genome project.” Science 252, стр. 1651–1656 (1991).

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life . Penguin. E-book.

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life . Penguin. E-book.

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life . Penguin. E-book.

Fraser, C. M., J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, J. L. Fritchman, J. F. Weidman, K. V. Small, M. Sandusky, J. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, D. M. Saudek, C. A. Phillips, J. M. Merrick, J. Tomb, B. A. Dougherty, K. F. Bott, P. Hu, T. S. Lucier, S. N. Peterson, H. O. Smith, C. A. Hutchison, J. C. Venter. “The Minimal Gene Complement of Mycoplasma genitalium .” Science 270, стр. 397–403 (1995).

Lee, M. G., and P. Nurse. “Complementation used to clone a human homologue of the fission yeast cell cycle control gene cdc2.” Nature 327, стр. 31–35 (1987).

Koonin, Eugene V., Arcady R. Mushegian, and Kenneth E. Rudd. “Sequencing and analysis of bacterial genomes.” Current Biology 1996, Vol. 6, № 4, стр. 404–416.

Woese, Carl R.; George E. Fox (1977). “Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 74 (11), стр. 5088–5090.

Bult, C. J., White, O., Olsen, G. J., Zhou, L., Fleischmann, R. D., Sutton, G. G., Blake, J. A., FitzGerald, L. M., Clayton, R. A., Gocayne, J. D., Kerlavage, A. R., Dougherty, B. A., Tomb, J. F., Adams, M. D., Reich, C. I., Overbeek, R., Kirkness, E. F., Weinstock, K. G., Merrick, J. M., Glodek, A., Scott, J. L., Geoghagen, S. M., Weidman, J. F., Fuhrmann, J. L., Nguyen, D., Utterback, T. R., Kelley, J. M., Peterson, J. D., Sadow, P. W., Hanna, M. C., Cotton, M. D., Roberts, K. M. Hurst, M. A., Kaine, B. P., Borodovsky, M., Klenk, H. P., Fraser, C. M., Smith, H. O., Woese, C. R and Venter, J. C. “Complete Genome Sequence of the Methanogenic Archaeon, Methanococcus jannaschii .” Science 372, стр. 1058–1073 (1996).

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life (Kindle Locations 3971–3975). Penguin. Kindle Edition.

Simonetta Gribaldo, Anthony M. Poole, Vincent Daubin, Patrick Forterre & Celine Brochier-Armanet. “The origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?” Nature Reviews Microbiology 8, стр. 743–752 (октябрь 2010). DOI: 10.1038/nrmicro2426

Raoult, D., M. Drancourt, S. Azza, et al. (февраль 2008). “Nanobacteria Are Mineralo Fetuin Complexes.” PLoS Pathog. 4 (2): e41. Garcia-Ruiz, J. M., Melero-Garcia, E., Hyde, S. T. (январь 2009). “Morphogenesis of self-assembled nanocry-stalline materials of barium carbonate and silica.” Science 323 (5912), стр. 362–365.

Tomb, J.-F., O. White, A. R. Kerlavage, R. A. Clayton, G. G. Sutton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, H. Р. Klenk, S. Gill, B. A. Dougherty, K. Nelson, J. Quackenbush, L. Zhou, E. F. Kirkness, Peterson, B. Loftus, D. Richardson, R. Dodson, H. G. Khalak, A. Glodek, McKenney, K., L. M. Fitzgerald, N. Lee, M. D. Adams, E. K. Hickey, D. E. Berg, J. D. Gocayne, T. R. Utterback, J. D. Peterson, J. M. Kelley, M. D. Cotton, J. M. Weidman, C. Fujii, C. Bowman, L. Whatthey, E. Wallin, W. S. Hayes, M. Borodovsky, Р. D. Karp, H. O. Smith, C. M. Fraser, and J. C. Venter. “The Complete Genome Sequence of the Gastric Pathogen Helicobacter pylori .” Nature 388, стр. 539–547 (1997).

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2005/marshall-cv.html

Klenk, et al. “The Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic, Sulphate-Reducing Archaeon Archae-oglobus fulgidu .” Nature 390, стр. 364–370, 1997.

Goffeau, A., B. G. Barrell, H. Bussey, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, and S. G. Oliver (1996). “Life with 6000 genes.” Science 274 (5287), стр. 546, стр. 563–567.

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1983/press.html

http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=28606

Синшаймер: «Два самых маленьких бактериальных вируса, согласно литературным данным, – это открытый в Англии S13 и открытый во Франции phi X 174 . Вы можете спросить: «И как же они были открыты?» Ну, люди просто вроде как классифицировали вирусы. Они брали немного стоков из парижской канализации и смотрели: сколько там можно найти вирусов, на каких хозяевах, то есть клетках, их можно растить и на что будут похожи образуемые ими пятна лизиса. Название «phi X 174 » означает, что это был 174-й полученный ими вирус в десятой серии фагов – и только. Ничего, кроме этого, оно не значит. Это была десятая серия проводимых ими экспериментов; X – это просто “десять”».

http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinshei-mer.pdf

http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=28606#axzz1ufDunxa6

The Arthur Kornberg Papers. “Creating Life in the Test Tube,” 1959–1970. National Library of Medicine. Kornberg DNA synthesis references: “Closer to Synthetic Life.” Time , 90 (22 декабря 1967), стр. 66. “Viable Synthetic DNA.” Science News , 92 (30 декабря 1967), стр. 629–630.

Nagata, S., H. Taira, A. Hall, L. Johnsrud, M. Streuli, J. Ecsodi, et al. “Synthesis in E. coli of a polypeptide with human leukocyte interferon activity.” Nature, 1980, 284, стр. 316–320.

Billeter, M. A., J. E. Dahlberg, H. M. Goodman, J. Hindley, and C. Weissmann. “Sequence of the first 175 nucleotides from the 5 terminus of Qbeta RNA synthesized in vitro.” Nature, 1969, 224, стр. 1083–1086.

Weissmann, Charles. “End of the Road.” Prion, 1 апреля 2012; 6 (2), стр. 97–104. DOI: 10.4161/pri.19778

Taniguchi, T., M. Palmieri, and C. Weissmann. “QB DNA-containing hybrid plasmids giving rise to QB phage formation in the bacterial host.” Nature, 1978, 274, стр. 223–228.

Racaniello, V. R., and D. Baltimore. (1981a). “Molecular cloning of poliovirus cDNA and determination of the complete nucleotide sequence of the viral genome.” Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, стр. 4887–4891.

См. 9-ю сноску в “Efficient Initiation of HCV RNA Replication in Cell Culture.” Keril J. Blight, Alexander A. Kolykhalov, and Charles M. Rice. Science 8, декабрь 2000, 290 (5498), стр. 1972–1974.

Wimmer, Eckard, Steffen Mueller, Terrence M. Tumpey, and Jeffery K. Taubenberger. “Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease.” Nat. Biotechnol., декабрь 2009; 27 (12), стр. 1163.

Venter, J. Craig, Karin Remington, John F. Heidelberg, Aaron L. Halpern, Doug Rusch, Jonathan A. Eisen, Dongying Wu, Ian Paulsen, Karen E. Nelson, William Nelson, Derrick E. Fouts, Samuel Levy, Anthony H. Knap, Michael W. Lomas, Ken Nealson, Owen White, Jeremy Peterson, Jeff Hoffman, Rachel Parsons, Holly Baden-Tillson, Cynthia Pfannkoch, Yu-Hui Rogers, and Hamilton O. Smith. “Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea.” Science, 2 апреля 2004, 304 (5667), стр. 66–74.

http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228366280031X

Cello, Jeronimo, Aniko V. Paul, and Eckard Wimmer. “Chemical Synthesis of Poliovirus cDNA: Generation of Infectious Virus in the Absence of Natural Template.” Science, 9 августа 2002, 297 (5583), стр. 1016–1018. Опубликовано онлайн 11 июля 2002. DOI: 10.1126/science.1072266

http://www.fbi.gov/about-us/history/famous-cases/anthrax-amerithrax/amerithrax-investigation

http://www.umass.edu/legal/derrico/amherst/lord_jeff.html

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/smallpox/en/

Cho, Mildred K., David Magnus, Arthur L. Caplan, Daniel McGee, and the Ethics of Genomics Grouстр. “Ethical Considerations in Synthesizing a Minimal Genome.” Science, 10 декабря 1999, 286 (5447), стр. 2087–2090.

Church, George, and Ed Regis. Regenesis: How Synthetic Biology Will Reinvent Nature and Ourselves. Basic, New York, 2012, стр. 9.

Cho, Mildred K., David Magnus, Arthur L. Caplan, Daniel McGee, and the Ethics of Genomics Grouстр. “Ethical Considerations in Synthesizing a Minimal Genome.” Science, 10 декабря 1999, 286 (5447), стр. 2087–2090.

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/482153a.html

Butler, Samuel. Erewhon, 1872, стр. 318–319.

Mirel , или полигидроксибутират. Биоразлагаемый полимер.

http://www.scarabgenomics.com/

Isaacs, Farren J., Peter A. Carr, Harris H. Wang, Marc J. Lajoie, Bram Sterling, Laurens Kraal, Andrew C. Tolonen, Tara A. Gianoulis, Daniel B. Goodman, Nikos B. Reppas, Christopher J. Emig, Duhee Bang, Samuel J. Hwang, Michael C. Jewett, Joseph M. Jacobson, and George M. Church. Science, 15 июля 2011, 333 (6040), стр. 348–353.