Александр Марков - Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий

С универсальной системой вырезания интронов у эукариот появилась возможность изготавливать новые белки путем альтернативного сплайсинга. Так называют ситуацию, когда одна и та же молекула мРНК в зависимости от условий комбинируется (на генетическом жаргоне это звучит как «сплайсируется») по-разному. Например, в клетках печени из конкретной мРНК вырезаются только интроны, а в клетках мозга из нее же вместе с двумя соседними интронами вырезается и расположенный между ними экзон. Получается два разных белка, синтезируемых на основе одного и того же гена.

Недавно выяснилось, что альтернативный сплайсинг чаще всего используется у самых сложных организмов, таких как наземные позвоночные, и особенно млекопитающие. Более того, оказалось, что у приматов — к которым мы имеем честь принадлежать — альтернативный сплайсинг развит в полтора-два раза сильнее, чем у других млекопитающих ( Barbosa-Morais et al., 2012 ).

Именно поэтому у человека и других приматов разнообразие белков намного выше, чем у дрозофилы или червя C. elegans , хотя по числу белок-кодирующих генов все эти животные не так уж сильно отличаются друг от друга. Как мы помним из главы 3, нельзя до бесконечности наращивать количество полезных генов в геноме, потому что это повышает риск генетического вырождения. Так вот, похоже на то, что альтернативный сплайсинг стал для высших животных удобным способом увеличивать разнообразие белков, не повышая числа генов в геноме.

Альтернативный сплайсинг позволяет по-разному комбинировать экзоны одного и того же гена. При этом порядок экзонов не меняется: разница только в том, что одни экзоны могут быть выброшены вместе с интронами, а другие оставлены. В некоторых генах даже возникли целые наборы — «кассеты» альтернативных экзонов, причем в зрелую мРНК после сплайсинга попадает только один экзон из каждой кассеты. Об одном из таких генов ( DSCAM ) мы рассказали в заключительной главе «Рождения сложности».

Однако альтернативный сплайсинг не позволяет комбинировать экзоны, входящие в состав разных генов. Для этого нужны перестройки уже не на уровне мРНК, а на уровне геномной ДНК: нужны транспозиции, т. е. перемещения фрагментов ДНК из одного места генома в другое. Это не редкость — случайные транспозиции являются одним из классических типов геномных мутаций, а для геномных паразитов — транспозонов это и вовсе стиль жизни. Вопрос в том, играет ли перекомбинирование экзоновв геномной ДНК существенную роль в появлении эволюционных новшеств.

У эукариот есть немало белков, скорее всего, возникших именно этим способом. Интересно, что они крайне неравномерно распределены по эволюционному дереву. Их очень много у животных, причем у всех — от губок до млекопитающих. У других эукариот (растений, грибов и протистов) их намного меньше. Функции большинства таких многодоменных белков животных связаны с поддержанием целостности организма (взаимодействие клеток, формирование тканей, прием и передача сигналов, формирование межклеточной среды и т. п.). Похоже, на ранних этапах эволюции животного царства был своеобразный бум формирования новых генов путем перекомбинирования экзонов ( Patthy, 1999 ).

—————

Дупликация и перестановки участков ДНК одного и того же генома открывают большие эволюционные возможности. Еще больше их дает комбинирование фрагментов разных, неродственных геномов [76]. Обмен генами между неродственными организмами можно уподобить генной дупликации, сильно растянутой во времени. Ведь любые два организма имеют общего предка (а степень их родства определяется тем, как давно он жил). Разделение предкового вида на два в чем-то подобно дупликации: два генома отныне будут эволюционировать независимо друг от друга, приспосабливаясь к разным факторам среды и накапливая разные мутации. Если по прошествии миллионов лет представитель одного из видов-потомков заимствует ген у другого и встроит его в свой геном, где сохранилась другая, иначе изменившаяся копия того же самого предкового гена, это и впрямь напоминает дупликацию с разделением функций.

Разнообразие живых существ очень велико, столь же огромно и разнообразие генетических вариантов. Какие возможности открылись бы перед эволюцией, если бы живые существа научились брать из глобального генетического «банка данных» именно то, что им нужно! Но они этому так и не научились (за исключением Homo sapiens — единственного вида, начавшего осваивать сознательную генную инженерию) и берут, как правило, наугад. Иногда это приводит к успеху, но нечасто. На одну удачную попытку, скорее всего, приходятся миллионы неудачных.

Есть и еще более радикальный способ скомбинировать в одном организме эволюционные достижения давно разошедшихся линий. Это симбиогенез — формирование нового организма путем объединения двух старых.

Оба явления, неродственный ГПГ и симбиогенез, рассмотрены в книге «Рождение сложности». Однако за те пять лет, что прошли с момента ее написания, в этой области были сделаны новые удивительные открытия, о которых нельзя не рассказать.

ВОЙНА СИМБИОНТОВ.

Наездники — большая группа паразитических перепончатокрылых насекомых, откладывающих яйца в тела других насекомых. Личинки наездников пожирают жертву заживо изнутри. В «Рождении сложности» мы упомянули о том, что многие наездники вводят в тела своих жертв помимо яиц еще и особые вирусоподобные частицы, которые помогают личинкам паразита подавить иммунную защиту хозяина. Как выяснилось, гены, управляющие формированием этих частиц, были заимствованы наездниками у настоящего вируса, который 100 млн лет назад встроился в геном их предка ( Bézier et al., 2009 ).

Но жертвы наездников небеззащитны. Как известно, многие насекомые буквально нашпигованы различными симбиотическими микробами. Симбионты помогают хозяевам решать многие жизненные задачи: от синтеза незаменимых аминокислот и витаминов до переваривания химически чистой целлюлозы, фиксации атмосферного азота и борьбы с сорняками на грибных плантациях муравьев-земледельцев.

В круг задач, выполняемых симбионтами, входит и защита хозяев от наездников. Именно эту роль взяла на себя бактерия Hamiltonella defensa , обитающая в клетках многих насекомых, питающихся растительными соками. Гамильтонелла выделяет вещества, смертельные для личинок наездников: в этом и состоит защита. Бактерия, как и другие внутриклеточные симбионты, наследуется по материнской линии: она проникает в яйца, которые откладывает зараженная самка. Не побрезговали такой микробной защитой и гороховые тли Acyrthosiphon pisum .