Евгений Кунин - Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Сравнение геномных наборов H. influenzae и M. genitalium дало 240 пар ортологичных генов, охватывающих большую часть очевидно существенных клеточных функций. Тем не менее в этом консервативном наборе несколько важных функций явно отсутствовали. До сих пор мы не говорили о «настоящей биологии», о биологических функциях, ролях генов, но теперь мы должны начать думать биологически. Определение минимального набора основных биологических функций – задача непростая. Соблазнительно, конечно, попытаться «разобрать эволюцию по винтику»: идя от сравнительной геномики, определить минимальный набор основных генов, сохраняемых во всех клеточных формах жизни. Но этот подход упускает возможность, что разные организмы могли прийти к решению одной и той же принципиальной задачи независимыми путями. Мы увидим далее в этой главе, что такая гипотетическая возможность действительно отражает важный аспект биологической реальности. Таким образом, чтобы очертить минимальный набор клеточных функций, нам необходимо обратиться к логике биохимии и клеточной биологии. Знаний в этих областях несомненно достаточно, чтобы составить разумный каталог основных функций. Само собой, это знание несовершенно, поэтому на самом деле вычисление минимального набора генов требует многократного поочередного обращения к биологическому обоснованию и сравнительному геномному анализу. Мы с Аркадием Мушегяном предположили, что принципиально важные функции, отсутствующие среди 240 ортологов H. influenzae и M. genitalium , вероятно, исполняются неродственными или отдаленно родственными белками в этих двух бактериях. Мы привлекли определенные догадки, чтобы увеличить предполагаемый минимальный набор на 16 дополнительных генов M. genitalium (см. рис. 3-10). Этот простое упражнение в получении минимального набора генов соединением сравнительной геномики и биологической логики оказалось достаточно успешным и, по-видимому, определило приближенный функциональный репертуар простейшей бактериальной клетки, способной к самостоятельному росту в наиболее благоприятных условиях. В самом деле, последующие эксперименты с нокаутом генов подтвердили, что большинство из генов, включенных в минимальный набор, необходимы для выживания бактерий и что гены из минимального набора присутствуют в большинстве (хотя и не обязательно во всех) вновь секвенированных бактериальных геномах (Delaye and Moya, 2010; Koonin, 2003).

Рис. 3-10. Выделение минимального набора генов клеточной жизни методами сравнительной геномики. G1, G2, G3 – три сравниваемых генома; С – набор консервативных генов.

Рис. 3-11. Распределение числа генов по биологическим функциям в минимальном генном наборе, полном наборе КОГ и среди экспериментально определенных незаменимых генов бактерии Bacillus subtilis . Данные по Koonin, 2003.

Поучительно провести теперь функциональную перепись минимального бактериального набора генов. В этом наборе преобладают гены, которые кодируют белки, участвующие в передаче информации в клетке (репликации, транскрипции и, прежде всего, трансляции). Метаболические ферменты и белки транспортной системы представлены куда более разреженно, что вполне ожидаемо для организма, растущего в самой богатой из возможных сред. Этим минимальный набор генов резко отличается от полного набора КОГ, но напоминает набор незаменимых бактериальных генов (нокаут которых убивает бактерию, см. рис. 3-11). Эта особая эволюционная устойчивость систем передачи клеточной информации является одним из центральных обобщений сравнительной геномики. Мы вернемся к этому вопросу позднее.

Рис. 3-12. Эволюционный сценарий замещения неортологичных генов.

По-видимому, самым весомым результатом поиска минимального набора генов было открытие, что в списке легко обнаружимых ортологов недостает нескольких важных функций. Этот результат был подтвержден и значительно усилен при сравнении бактериальных геномов с первым архейным ( Methanocaldococcus jannaschii ), когда в наборе консервативных необходимых функций выявилось несколько дополнительных зияющих пробелов. Эти выводы были обобщены в понятии замещения неортологичных генов (ЗНОГ), эволюционном сценарии, при котором неродственные или отдаленно родственные гены (иными словами, не ортологи) становятся ответственными за одни и те же необходимые функции в разных организмах (Koonin, 2003). Сам этот эволюционный сценарий легко представить (см. рис 3-12): чтобы произошло ЗНОГ, эволюционирующая линия приобретает альтернативный, функционально избыточный ген для некоторой незаменимой функции и таким образом проходит через промежуточное состояние, в котором присутствуют обе реализации данной функции (такая избыточность часто наблюдается у организмов с более сложными геномами), а затем теряет начальный ген (Koonin and Mushegian, 1996). С ростом коллекции секвенированных геномов обнаруживается все больше организмов, в которых оба варианта действительно представлены для разнообразных функций; таким образом, сценарий эволюции ЗНОГ, представленный на рис. 3-12, становится все более правдоподобным.

В табл. 3–2 описывается несколько примеров ключевых биологических функций, для которых два или несколько неродственных ферментов по-разному представлены в частично дополнительных, но обычно перекрывающихся группах эволюционных линий. Даже эти отдельные примеры показывают, что ЗНОГ происходит в самых различных функциональных системах и путях. В дальнейшем, с заметным увеличением числа секвенированных геномов, стало ясно, что ЗНОГ и утрата генов в отдельных линиях настолько широко распространены, что лишь малое число функций являются действительно мономорфными и вездесущими (то есть представлены ортологичными генами во всех организмах). Вместе с тем универсальное ядро жизни уменьшилось почти до исчезновения: все, что остается универсальным, – это около тридцати генов белков трансляции и три больших субъединицы РНК-полимеразы, а также примерно равное число генов структурных РНК (рРНК и тРНК).

Таблица 3–2. Примеры замещения неортологичных генов.

Даже при исключении паразитических бактерий перечень универсальных генов расширяется незначительно (Koonin, 2003). Таким образом, за исключением небольшого числа генов, участвующих в основных этапах передачи информации , не существует универсального генетического ядра жизни, в связи с повсеместными ЗНОГ и потерей генов . Концепция небольшого, универсального набора функций , необходимых для поддержания клетки, остается жизнеспособной, но, учитывая комбинаторику ЗНОГ, этот наименьший набор функциональных ниш может заполняться огромным разнообразием генных ансамблей.