Александр Марков - Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий

Итак, межвидовые взаимодействия сильно влияют на эволюцию. Одно и то же изменение среды приводит один и тот же исходный вид к разным эволюционным результатам в зависимости от того, есть ли поблизости другие виды. Никто в этом, собственно, и не сомневался! Но столь наглядно продемонстрировать этот эффект в эксперименте удалось впервые.

Кроме того, исследование показало, что межвидовые взаимодействия могут ускорять эволюцию: в смешанных культурах подопытные виды изменились сильнее, чем в монокультурах. В соответствии с теоретическими ожиданиями жизнь в сообществе способствует «разделению труда», т. е. разводит виды по разным нишам: отбор поддерживает мутации, помогающие ослабить конкуренцию за ресурсы. Кроме того, виды начинают использовать вещества, выделяемые другими видами. Это соответствует представлениям о том, что эволюционирующие виды могут создавать новые ниши друг для друга (см. главу 6). Напротив, эволюция в условиях изоляции создает предпосылки для сближения экологических предпочтений: в отсутствие видов-конкурентов эволюционирующие микробы попытаются занять одни и те же удобные места в «экологическом пространстве». Как тут не вспомнить многочисленные примеры параллельной эволюции на островах (некоторые из них мы рассмотрели в книге «Рождение сложности»).

Разумеется, бактериальное сообщество, использованное в исследовании, намного проще природных сообществ. В одном древесном дупле, скорее всего, живут тысячи видов микробов, и происходящие там эволюционные процессы могут быть гораздо сложнее воспроизведенных в эксперименте. И все же по сравнению с классическими опытами на отдельных видах данная работа представляет собой важный шаг вперед.

Наш рассказ об эволюционных экспериментах был бы неполон, если бы мы забыли упомянуть опыты с искусственными репликаторами — опыты, имеющие, между прочим, немалое практическое значение. Дарвиновская эволюция на наших глазах превращается в основу «высоких технологий» будущего.

Метод искусственной эволюции позволяет получать молекулы белков и РНК с заданными свойствами путем имитации естественных процессов: мутагенеза, размножения и отбора. Метод весьма эффективен, но пока трудоемок и дорог. Сначала нужно синтезировать исходную «библиотеку» разнообразных молекул, затем каким-то образом отобрать молекулы, обладающие нужным свойством хотя бы в минимальной степени. Отобранные молекулы размножают, внося в них небольшие случайные изменения (мутации), затем снова производится отбор — и так до тех пор, пока цель не будет достигнута. Большинство операций производится вручную, причем для каждого этапа приходится специально подбирать оптимальные условия «среды».

Конечно, специалисты мечтают автоматизировать процесс. Это позволило бы ускорить и удешевить получение нужных молекул, а заодно и сделать всю процедуру более похожей на то, что происходит в природе. Ведь живые организмы эволюционируют сами, без сознательного контроля извне.

Необходимым условием такой автоматизации является способность эволюционирующих молекул к размножению — производству собственных копий. Кроме того, если мы хотим, чтобы в популяции размножающихся молекул сам собой шел естественный отбор, необходимо добиться, чтобы скорость их размножения зависела от того свойства, которое мы хотим развить в ходе эксперимента. Те молекулы, у которых данное свойство выражено сильнее, должны оставлять больше потомков. Иными словами, необходимо превратить подопытные объекты в полноценные репликаторы, да еще и направить их эволюцию в нужную нам сторону.

Эти условия легко соблюсти, когда речь идет о целых организмах, но очень непросто, когда дело касается отдельных молекул. Однако среди известных на сегодняшний день рибозимов есть подходящие. Один из них и использовали биологи из Скриппсовского института (Ла-Холья, Калифорния) при разработке компьютеризованного устройства для искусственной эволюции ( Paegel, Joyce, 2008 ).

Этот рибозим — РНК-лигаза класса I — был искусственно получен в 1993 году. Его функция состоит в том, что он катализирует присоединение ( лигирование) другой молекулы РНК к самому себе. Субстратом (присоединяемой молекулой) может служить не всякая цепочка нуклеотидов: она должна содержать участок, комплементарный одному из участков рибозима. Комплементарные участки рибозима и субстрата соединяются водородными связями, образуя «уотсон-криковские» пары. При этом свободные концы субстрата и рибозима оказываются рядом. Концы «сшиваются» — происходит лигирование.

В качестве субстрата использовался олигонуклеотид смешанной природы: короткая молекула РНК, присоединенная к более длинной молекуле ДНК. Главная хитрость в том, что ДНК-овая часть субстрата содержит промотор, т. е. участок, к которому может прикрепиться фермент ДНК-зависимая РНК-полимераза. Этот фермент осуществляет транскрипцию, т. е. синтез РНК на матрице ДНК. Без промотора молекула ДНК не может быть транскрибирована.

Благодаря наличию промотора в молекуле субстрата рибозим РНК-лигаза приобретает требуемое свойство — способность размножаться, но только при условии успешного выполнения рибозимом своей функции.

Для того чтобы рибозим начал размножаться, нужно добавить в среду два фермента: ДНК-зависимую РНК-полимеразу и обратную транскриптазу — фермент, осуществляющий синтез ДНК на матрице РНК (обратную транскрипцию). Вдвоем эти ферменты успешно осуществляют синтез копий рибозима, но только в том случае, если рибозим предварительно присоединил к себе субстрат с промотором. При размножении копируется не вся молекула (рибозим вместе с присоединенным субстратом), а только сам рибозим.

Таким образом, рибозимы с высокой каталитической активностью — те, которые быстро находят, распознают и присоединяют к себе субстрат, — будут размножаться быстро, а медлительные рибозимы — медленно. Следовательно, будут сами собой отбираться, выигрывая конкуренцию за субстрат, самые эффективные рибозимы.

Компьютеризированная установка для искусственной эволюции, изготовленная учеными, устроена следующим образом. Ее главная часть представляет собой тонкую стеклянную трубочку, замкнутую в кольцо диаметром 1 см. В кольцевой резервуар помещается исходный рибозим. К кольцу присоединены дополнительные трубочки, по которым в систему подаются ферменты, субстрат и нуклеотиды, необходимые для синтеза РНК и ДНК. В кольце имеются клапаны, открытие и закрытие которых позволяет контролировать подачу веществ, перемешивание и обновление реакционной смеси. Работой клапанов управляет компьютер.