Евгений Кунин - Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции
- Название:Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции
- Автор:
- Жанр:
- Издательство:Литагент «Центрполиграф»a8b439f2-3900-11e0-8c7e-ec5afce481d9
- Год:2014
- Город:Москва
- ISBN:978-5-227-04982-7
- Рейтинг:
- Избранное:Добавить в избранное
-
Отзывы:
-
Ваша оценка:
Евгений Кунин - Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции краткое содержание
В этой амбициозной книге Евгений Кунин освещает переплетение случайного и закономерного, лежащих в основе самой сути жизни. В попытке достичь более глубокого понимания взаимного влияния случайности и необходимости, двигающих вперед биологическую эволюцию, Кунин сводит воедино новые данные и концепции, намечая при этом дорогу, ведущую за пределы синтетической теории эво люции. Он интерпретирует эволюцию как стохастический процесс, основанный на заранее непредвиденных обстоятельствах, ограниченный необходимостью поддержки клеточной организации и направляемый процессом адаптации. Для поддержки своих выводов он объединяет между собой множество концептуальных идей: сравнительную геномику, проливающую свет на предковые формы; новое понимание шаблонов, способов и непредсказуемости процесса эволюции; достижения в изучении экспрессии генов, распространенности белков и других фенотипических молекулярных характеристик; применение методов статистической физики для изучения генов и геномов и новый взгляд на вероятность самопроизвольного появления жизни, порождаемый современной космологией.
Логика случая демонстрирует, что то понимание эволюции, которое было выработано наукой XX века, является устаревшим и неполным, и обрисовывает фундаментально новый подход – вызывающий, иногда противоречивый, но всегда основанный на твердых научных знаниях.
Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции - читать онлайн бесплатно ознакомительный отрывок
Интервал:
Закладка:
Mulkidjanian, A. Y., E. V. Koonin, K. S. Makarova, S. L. Mekhedov, A. Sorokin, Y. I. Wolf, A. Dufresne, F. Partensky, H. Burd, D. Kaznadzey, R. Haselkorn, and M. Y. Galperin . (2006) The Cyanobacterial Genome Core and the Origin of Photosynthesis. Proc Natl Acad Sci USA 103: 13,126—13,131.
Mulkidjanian, A. Y., K. S. Makarova, M. Y. Galperin, and E. V. Koonin . (2007) Inventing the Dynamo Machine: The Evolution of the F-Type and V-Type Atpases. Nat Rev Microbiol 5: 892–899.
Müller, F., T. Brissac, N. Le Bris, H. Felbeck, and O. Gros . (2010) First Description of Giant Archaea (Thaumarchaeota) Associated with Putative Bacterial Ectosymbionts in a Sulfidic Marine Habitat. Env Microbiol 12: 2,371—2,383.
Müller, H. J. (1964) The Relation of Recombination to Mutational Advance. Mutat Res 106: 2–9.
Mushegian, A. R., and E. V. Koonin . (1996a) Gene Order Is Not Conserved in Bacterial Evolution. Trends Genet 12: 289–290.
Mushegian, A. R., and E. V. Koonin. (1996b) A Minimal Gene Set for Cellular Life Derived by Comparison of Complete Bacterial Genomes. Proc Natl Acad Sci USA 93: 10,268—10,273.
Nelson, K. E., R. A. Clayton, S. R. Gill, M. L. Gwinn, R. J. Dodson, D. H. Haft, E. K. Hickey, J. D. Peterson, W. C. Nelson, K. A. Ketchum, L. McDonald, T. R. Utterback, J. A. Malek, K. D. Linher, M. M. Garrett, A. M. Stewart, M. D. Cotton, M. S. Pratt, C. A. Phillips, D. Richardson, J. Heidelberg, G. G. Sutton, R. D. Fleischmann, J. A. Eisen, O. White, S. L. Salzberg, H. O. Smith, J. C. Venter, and C. M. Fraser . (1999) Evidence for Lateral Gene Transfer Between Archaea and Bacteria from Genome Sequence of Thermotoga Maritima. Nature 399: 323–329.
Netzer, N., J. M. Goodenbour, A. David, K. A. Dittmar, R. B. Jones, J. R. Schneider, D. Boone, E. M. Eves, M. R. Rosner, J. S. Gibbs, A. Embry, B. Dolan, S. Das, H. D. Hickman, P. Berglund, J. R. Bennink, J. W. Yewdell, and T. Pan . (2009) Innate Immune and Chemically Triggered Oxidative Stress Modifies Translational Fidelity. Nature 462: 522–526.
Neupert, W., and J. M. Herrmann . (2007) Translocation of Proteins into Mitochondria. Annu Rev Biochem 76: 723–749.
Novichkov, P. S., M. V. Omelchenko, M. S. Gelfand, A. A. Mironov, Y. I. Wolf, and E. V. Koonin . (2004) Genome-Wide Molecular Clock and Horizontal Gene Transfer in Bacterial Evolution. J Bacteriol, in press.
Novichkov, P. S., Y. I. Wolf, I. Dubchak, and E. V. Koonin . (2009) Trends in Prokaryotic Evolution Revealed by Comparison of Closely Related Bacterial and Archaeal Genomes. J Bacteriol 191: 65–73.
Novozhilov, A. S., and E. V. Koonin . (2009) Exceptional Error Minimization in Putative Primordial Genetic Codes. Biol Direct 4: 44.
Nunoura, T., Y. Takaki, J. Kakuta, S. Nishi, J. Sugahara, H. Kazama, G. J. Chee, M. Hattori, A. Kanai, H. Atomi, K. Takai, and H. Takami . (2010) Insights into the Evolution of Archaea and Eukaryotic Protein Modifier Systems Revealed by the Genome of a Novel Archaeal Group. Nucleic Acids Res Dec. 15 [Epub ahead of print].
O’Maille, P. E., A. Malone, N. Dellas, B. Andes Hess Jr., L. Smentek, I. Sheehan, B. T. Greenhagen, J. Chappell, G. Manning, and J. P. Noel . (2008) Quantitative Exploration of the Catalytic Landscape Separating Divergent Plant Sesquiterpene Synthases. Nat Chem Biol 4: 617–623.
O’Malley, M. A. (2009) What Did Darwin Say About Microbes, and How Did Microbiology Respond? Trends Microbiol 17: 341–347.
O’Malley, M. A., ed. (2010) Special Issue: The Tree of Life. Biology and Philosophy.
O’Malley, M. A., and Y. Boucher . (2005) Paradigm Change in Evolutionary Microbiology. Stud Hist Philos Biol Biomed Sci 36: 183–208.
Ochman, H. (2002) Distinguishing the Orfs from the Elfs: Short Bacterial Genes and the Annotation of Genomes. Trends Genet 18: 335–337.
Ohno, S. (1970). Evolution by Gene Duplication. New York: Springer-Verlag.
Ohta, T. (2002) Near-Neutrality in Evolution of Genes and Gene Regulation. Proc Natl Acad Sci USA 99: 16,134—16,137.
Omelchenko, M. V., M. Y. Galperin, Y. I. Wolf, and E. V. Koonin . (2010) Non-Homologous Isofunctional Enzymes: A Systematic Analysis of Alternative Solutions in Enzyme Evolution. Biol Direct 5: 31.
Omelchenko, M. V., Y. I. Wolf, E. K. Gaidamakova, V. Y. Matrosova, A. Vasilenko, M. Zhai, M. J. Daly, E. V. Koonin, and K. S. Makarova . (2005) Comparative Genomics of Thermus Thermophilus and Deinococcus Radiodurans: Divergent Routes of Adaptation to Thermophily and Radiation Resistance. BMC Evol Biol 5: 57.
Oparin, A. I. (1924) The Origin of Life. Moscow: Moscow Worker. Oparin, A. I., and V. V. Fesenkov. (1956). Life in the Universe. Moscow: USSR Academy of Sciences Publisher.
Orgel, L. E. (1968) Evolution of the Genetic Apparatus. J Mol Biol 38: 381–393.
Orgel, L. E., and F. H. Crick . (1980) Selfish DNA: The Ultimate Parasite. Nature 284: 604–607.
Ostrowski, E. A., R. J. Woods, and R. E. Lenski . (2008) The Genetic Basis of Parallel and Divergent Phenotypic Responses in Evolving Populations of Escherichia Coli. Proc Biol Sci 275: 277–284.
Ouzounis, C. A., V. Kunin, N. Darzentas, and L. Goldovsky . (2006) A Minimal Estimate for the Gene Content of the Last Universal Common Ancestor – Exobiology from a Terrestrial Perspective. Res Microbiol 157: 57–68.
Pace, N. R. (1997) A Molecular View of Microbial Diversity and the Biosphere. Science 276: 734–740.
Pace, N. R . (2006) Time for a Change. Nature 441: 289.
Pace, N. R . (2009a) Mapping the Tree of Life: Progress and Prospects. Microbiol Mol Biol Rev 73: 565–576.
Pace, N. R. (2009b) Problems with «Procaryote». J Bacteriol 191: 2,008—2,010; discussion 2,011.
Pais, A. (1994) Niels Bohr’s Times: In Physics, Philosophy and Polity. Oxford: Oxford University Press.
Pal, C., B. Papp, and L. D. Hurst. (2001) Highly Expressed Genes in Yeast Evolve Slowly. Genetics 158: 927–931.
Pal, C., B. Papp, and M. J. Lercher. (2005) Adaptive Evolution of Bacterial Metabolic Networks by Horizontal Gene Transfer. Nat Genet 37: 1,372—1,375.
Pande, V. S., A. Grosberg, T. Tanaka, and D. S. Rokhsar. (1998) Pathways for Protein Folding: Is a New View Needed? Curr Opin Struct Biol 8: 68–79.
Patterson, D. J. (1999) The Diversity of Eukaryotes. Am Nat 154: S96—124.
Paul, J. H. (2008) Prophages in Marine Bacteria: Dangerous Molecular Time Bombs or the Key to Survival in the Seas? ISME J 2: 579–589.
Pennisi, E. (1999) Is It Time to Uproot the Tree of Life? Science 284: 1,305—1,307.
Pennisi, E. (2009) History of Science. The Case of the Midwife Toad: Fraud or Epigenetics? Science 325: 1,194—1,195.
Penny, D. (2005) An Interpretative Review of the Origin of Life Research. Biol Philos, in press.
Pereto, J., P. Lopez-Garcia, and D. Moreira. (2004) Ancestral Lipid Biosynthesis and Early Membrane Evolution. Trends Biochem Sci 29: 469–477.
Perna, N. T., G. Plunkett III, V. Burland, B. Mau, J. D. Glasner, D. J. Rose, G. F. Mayhew, P. S. Evans, J. Gregor, H. A. Kirkpatrick, G. Posfai, J. Hackett, S. Klink, A. Boutin, Y. Shao, L. Miller, E. J. Grotbeck, N. W. Davis, A. Lim, E. T. Dimalanta, K. D. Potamousis, J. Apodaca, T. S. Anantharaman, J. Lin, G. Yen, D. C. Schwartz, R. A. Welch, and F. R. Blattner. (2001) Genome Sequence of Enterohaemorrhagic Escherichia Coli O157:H7. Nature 409: 529–533.
Pisani, D., J. A. Cotton, and J. O. McInerney. (2007) Supertrees Disentangle the Chimerical Origin of Eukaryotic Genomes. Mol Biol Evol 24: 1,752—1,760.
Poole, A. M. (2009) Horizontal Gene Transfer and the Earliest Stages of the Evolution of Life. Res Microbiol 160: 473–480.
Poole, A. M., D. C. Jeffares, and D. Penny. (1998) The Path from the Rna World. J Mol Evol 46: 1—17.
Poole, A. M., and D. Penny. (2007) Evaluating Hypotheses for the Origin of Eukaryotes. Bioessays 29: 74–84.
Popper, K. R. (1982) Unended Quest: An Intellectual Autobiography. London: Open Court Publishing Company.
Prangishvili, D., P. Forterre, and R. A. Garrett. (2006a) Viruses of the Archaea: A Unifying View. Nat Rev Microbiol 4: 837–848.
Prangishvili, D., R. A. Garrett, and E. V. Koonin. (2006b) Evolutionary Genomics of Archaeal Viruses: Unique Viral Genomes in the Third Domain of Life. Virus Res 117: 52–67.
Price, M.N., P. S. Dehal, and A. P. Arkin. (2010) FastTree 2 – approximately maximum-likelihood trees for large alignments. PLoS One 5: e9490.
Prusiner, S. B. (1998) Prions. Proc Natl Acad Sci USA 95: 13,363—13,383.
Puigbo, P., Y. I. Wolf, and E. V. Koonin. (2009) Search for a «Tree of Life» in the Thicket of the Phylogenetic Forest. J Biol 8: 59.
Puigbo, P., Y. I. Wolf, and E. V. Koonin. (2010) The Tree and Net Components of Prokaryote Evolution. Genome Biol Evol 2: 745–756.
Putnam, N. H., M. Srivastava, U. Hellsten, B. Dirks, J. Chapman, A. Salamov, A. Terry, H. Shapiro, E. Lindquist, V. V. Kapitonov, J. Jurka, G. Genikhovich, I. V. Grigoriev, S. M. Lucas, R. E. Steele, J. R. Finnerty, U. Technau, M. Q. Martindale, and D. S. Rokhsar. (2007) Sea Anemone Genome Reveals Ancestral Eumetazoan Gene Repertoire and Genomic Organization. Science 317: 86–94.
Radman, M. (1975) SOS Repair Hypothesis: Phenomenology of an Inducible DNA Repair Which Is Accompanied by Mutagenesis. Basic Life Sci 5A: 355–367.
Radman, M., I. Matic, and F. Taddei. (1999) Evolution of Evolvability. Ann N Y Acad Sci 870: 146–155. Ragan, M. A. (2001) Detection of Lateral Gene Transfer among Microbial Genomes. Curr Opin Genet Dev 11: 620–626.
Ragan, M. A., J. O. McInerney, and J. A. Lake, eds. (2009) Theme Issue: The Network of Life: Genome Beginnings and Evolution. Phil Trans R Soc B.
Rao, V. B., and M. Feiss. (2008) The Bacteriophage DNA Packaging Motor. Annu Rev Genet 42: 647–681. Raoult, D. (2010) The Post-Darwinist Rhizome of Life. Lancet 375: 104–105.
Raoult, D., S. Audic, C. Robert, C. Abergel, P. Renesto, H. Ogata, B. La Scola, M. Suzan, and J. M. Claverie. (2004) The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus. Science 306: 1,344—1,350.
Raoult, D., and P. Forterre. (2008) Redefining Viruses: Lessons from Mimivirus. Nat Rev Microbiol 6: 315–319.
Ravasi, T., H. Suzuki, C. V. Cannistraci, S. Katayama, V. B. Bajic, K. Tan, A. Akalin, S. Schmeier, M. Kanamori-Katayama, N. Bertin, P. Carninci, C. O. Daub, A. R. Forrest, J. Gough, S. Grimmond, J. H. Han, T. Hashimoto, W. Hide, O. Hofmann, A. Kamburov, M. Kaur, H. Kawaji, A. Kubosaki, T. Lassmann, E. van Nimwegen, C. R. MacPherson, C. Ogawa, A. Radovanovic, A. Schwartz, R. D. Teasdale, J. Tegner, B. Lenhard, S. A. Teichmann, T. Arakawa, N. Ninomiya, K. Murakami, M. Tagami, S. Fukuda, K. Imamura, C. Kai, R. Ishihara, Y. Kitazume, J. Kawai, D. A. Hume, T. Ideker, and Y. Hayashizaki. (2010) An Atlas of Combinatorial Transcriptional Regulation in Mouse and Man. Cell 140: 744–752.
Читать дальшеИнтервал:
Закладка:
