Евгений Кунин - Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Yarus, M. (1998) Amino Acids as RNA Ligands: A Direct-RNA-Template Theory for the Code’s Origin. J Mol Evol 47: 109–117.

Yarus, M., J. G. Caporaso, and R. Knight. (2005) Origins of the Genetic Code: The Escaped Triplet Theory. Annu Rev Biochem 74: 179–198.

Yarus, M., J. J. Widmann, and R. Knight. (2009) RNA – Amino Acid Binding: A Stereochemical Era for the Genetic Code. J Mol Evol 69: 406–429.

Yooseph, S., G. Sutton, D. B. Rusch, A. L. Halpern, S. J. Williamson, K. Remington, J. A. Eisen, K. B. Heidelberg, G. Manning, W. Li, L. Jaroszewski, P. Cieplak, C. S. Miller, H. Li, S. T. Mashiyama, M. P. Joachimiak, C. van Belle, J. M. Chandonia, D. A. Soergel, Y. Zhai, K. Natarajan, S. Lee, B. J. Raphael, V. Bafna, R. Friedman, S. E. Brenner, A. Godzik, D. Eisenberg, J. E. Dixon, S. Taylor, R. L. Strausberg, M. Frazier, and J. C. Venter. (2007) The Sorcerer Ii Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the Universe of Protein Families. PLoS Biol 5: e16.

Yutin, N., K. S. Makarova, S. L. Mekhedov, Y. I. Wolf, and E. V. Koonin. (2008) The Deep Archaeal Roots of Eukaryotes. Mol Biol Evol 25: 1,619—1,630.

Yutin, N., M. Y. Wolf, Y. I. Wolf, and E. V. Koonin. (2009) The Origins of Phagocytosis and Eukaryogenesis. Biol Direct 4: 9.

Zhang, Y., C. Laing, M. Steele, K. Ziebell, R. Johnson, A. K. Benson, E. Taboada, and V. P. Gannon. (2007) Genome Evolution in Major Escherichia Coli O157:H7 Lineages. BMC Genomics 8: 121.

Zuckerkandl, E., and L. Pauling. (1965). Evolutionary Divergence and Convergence of Proteins in Bryson, V., and H. J. Vogel (eds). Evolving Genes and Proteins. New York: Academic Press, pp. 97—166.

Раздел благодарностей – непременная часть любой книги, и ни одна стоящая научная идея, гипотеза или обобщение не родится в одиноком уме. Наука процветает лишь в сообществе ученых, и написать нечто достойное чтения возможно, лишь будучи подключенным к этому сообществу. С одной стороны, сочинение раздела благодарностей должно быть легким делом, потому что он в той или иной степени стандартен и формален; с другой же, эта задача не проста, ибо в работу и стиль мышления автора внесли свой разнообразнейший вклад столь многие коллеги и друзья, пусть даже и не помогая непосредственным образом в работе над этой книги. Я постараюсь упомянуть их всех, не вдаваясь при этом в чрезмерные тонкости.

Эта книга не могла бы быть завершена, если бы не великодушная помощь и поддержка Юрия Вольфа, моего давнего сотрудника и соавтора нескольких работ, основополагающих для развиваемой здесь концепции. Юрий не только прочитал текст целиком, предложил важные поправки и внес ценные предложения, но и подготовил многие иллюстрации. Трое других близких и давних сотрудников, Валерьян Доля, Билл Мартин и Татьяна Сенкевич (моя жена), прочитали всю рукопись и сделали многочисленные полезные замечания. Я хотел бы особо поблагодарить нескольких коллег и друзей, которые, на разных этапах моей научной работы, были не только наставниками или сотрудниками, но и источником интеллектуального вдохновения, повлияли на мое становление как исследователя и без чьей поддержки, мудрых советов и критики у меня не было бы ни стимула, ни возможности даже начать эту книгу. Это Вадим Израйлевич Агол (мой учитель в области вирусологии), Александр Евгеньевич Горбаленя (старший коллега по первой работе в сравнительной геномике), Л. Аравинд, Пеер Борк, Андрей Гудков, Валерьян Доля, Джим Каррингтон, Алексей Кондрашов, Дэвид Липман, Билл Мартин, покойный Александр Александрович Нейфах (младший), Павел Певзнер, Дидье Рауль, Патрик Фортер и Константин Чумаков. Беседы с У. Фордом Дулитлом и Майклом Линчем о эволюции геномов, Аланом Драммондом и Клаусом Вильке о эволюции белков, Сергеем Масловым, Эриком Ван Нимвегеном и Михаэлем Лассигом о физико-статистическом подходе к эволюции и Александром Виленкиным о космологии были неоценимо важны для всего моего образа мышления.

Я признателен бывшим и нынешним членам моей исследовательской группы за существенный вклад в те исследования, что были рассмотрены в этой книге, и многие другие проекты, которых у меня не было возможности коснуться: Лакшу Айяру, Вивеку Анантараману, Соне Васудеван, Максиму Вольфу, Михаилу Гальперину, Николаю Гришину, И. Кингу Джордану, Георгию Кареву, Лирану Кармелю, Федору Кондрашову, Дэвиду Кристенсену, Александру Лобковскому, Радже Мазумдеру, Кире Макаровой, Давиду Манагадзе, Бену Мансу, Сергею Мехедову, Аркадию Мушегяну, Анастасии Никольской, Павлу Новичкову (также за помощь с рис. 7–2), Артему Новожилову, Марине Омельченко, Перу Пуиджбо (также за большую помощь с рисунками к главе 6), Алисе Реш, Игорю Рогозину, Александру Свердлову, Алексею Спиридонову, Николаю Спиридонову, Нобуто Такэути, Роману Татузову, Рональду Уокеру, Панаиотису Цапарасу, Диане Черниковой, Светлане Шабалиной, Наталье Ютиной и Итаи Янаи. С не меньшей признательностью благодарю за ценный вклад сотрудников по коллективной работе и гостей моей группы Стивена Альтшуля, Одеда Беджу, Стивена Белла, Стэна Брунса, Тал Даган, Майкла Дели, Эда Де Лонга, Вишву Диксита, Михаила Гельфанда, Мартина Гюйнена, Детлефа Ляйпе, Леонардо Мартиньо-Рамиреса, Бориса Миркина, Андрея Миронова, Бернарда Мосса, Армена Мулкиджаняна, Джона ван дер Оста, Люку Пеллегрини, Криса Понтинга, Давида Прангишвили, Тересу Пшитицкую, Михаила Ройтберга, Кена Радда, Алексея Савченко, Ласло Секея, Шамиля Сюняева, Дэна Хартла, Миклоша Чюроша (также за помощь с рис. 7–8), Эву Шабарку, Фреда Антсона, Александра Якунина и Вэй Ян.

Глубоко благодарен Данте за то, что он был и остается моим лучшим другом.

Первые черновики этой книги были написаны на весьма стимулирующей зимней конференции 2010 года в Аспенском Физическом центре (штат Колорадо), и мне хотелось бы выразить центру мою признательность. Последние штрихи были внесены во время столь же замечательной программы по микробной и вирусной эволюции в Институте теоретической физики Кавли университета Калифорнии в Санта-Барбаре, и мне приятно принести благодарность институту.

В завершение, но не в последнюю очередь, приношу свою благодарность редактору Кирку Дженсену за столь своевременное приглашение издать эту книгу и за его деликатное подталкивание, а также всему коллективу редакции «Пирсон Эдукейшн» за их первоклассную профессиональную работу.

Евгений Викторович Кунин окончил кафедру вирусологии биологического факультета МГУ в 1978 году и в 1983 году защитил там же под руководством профессора Вадима Израйлевича Агола кандидатскую диссертацию по репликации вирусной РНК. С 1983 по 1988 год он работал младшим, а затем старшим научным сотрудником Института полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН СССР, а с 1988 по 1991 год – старшим научным сотрудником и руководителем лаборатории молекулярной систематики микробов Института микробиологии АН СССР. Начиная с 1985 года работал в области компьютерного анализа геномов вирусов, а затем и других организмов. В конце 1991 года Е. В. Кунин переехал в США, где работал вначале на временной, а затем, по настоящее время, на постоянной позиции ведущего исследователя Национального центра биотехнологической информации в Национальном институте здоровья (Бетесда, штат Мериленд). С 1997 года – руководитель группы эволюционной геномики, которая исследует широкий круг проблем, связанных с эволюцией геномов и белков, эволюционной вирусологией и микробиологией, а в последние годы – общими вопросами теории эволюции. Евгений Кунин – автор около 650 опубликованных научных статей (h-индекс 152) и книги Sequence-Evolution-Function: Computational Approaches in Comparative Genomics (Springer, New York, 2002, в соавторстве с Михаилом Гальпериным). Он также является основателем и главным редактором журнала Biology Direct , в котором реализуется принцип открытого рецензирования: статьи публикуются вместе с рецензиями, за подписью рецензента.