Карин Мёллинг - Вирусы: Скорее друзья, чем враги

Центральная догма – поток информации внутри клетки, по определению Ф. Крика, «от ДНК к РНК и к белкам»; передача информации от ДНК к РНК называется транскрипцией. Важная роль, которую РНК играет в качестве биомолекулы, дает основание предположить, что в процессе эволюции сначала сформировался механизм движения информации в обратном направлении: от РНК к белкам и от РНК к ДНК, тогда так называемая «обратная» транскрипция действительно является реальной (оригинальной).

ЭБВ (вирус Эпштейна–Барр) – вирус герпеса, вызывающий три заболевания: мононуклеоз – доброкачественную ангину («болезнь поцелуев») в странах Запада, лимфому Буркитта (ЛБ) в Африке и назофарингеальную саркому в Китае в зависимости от последовательности вируса и кофакторов.

ЭК – элитный контроллер; люди, обладающие естественной резистентностью к ВИЧ-нагрузке или способностью ее контролировать.

Экзон – в эукариотических генах экзоны составляют белок-кодирующую последовательность, прерываемую интронами, которые не кодируют белки. Вирусные и большинство прокариотических генов состоят только из экзонов.

Экспедиция Tara Oceans – морская экспедиция, проводившаяся Европейской организацией по молекулярной биологии (EMBO) с 2009 по 2013 г. во всех океанах, во время которой было собрано 35 000 образцов планктона с 200 станций; описано 40 млн генов, по большей части неизвестных; в верхних слоях океана обнаружено 5000 популяций вируса, см. Science, май 2015 г.

Эндогенный (ретро)вирус – (ретро)вирус в геноме, происходящий из вирусных инфекций зародышевых клеток. Такие вирусы, как правило, не формируют частицы и «вертикально» передаются следующим поколениям. Процесс эндогенизации может наблюдаться в реальном времени в популяции австралийских коал.

Эпигенетика – временные изменения ДНК/хроматина, не сопровождающиеся мутацией; генетическая информация, не подчиняющаяся законам Менделя, химическая модификация, являющаяся результатом присоединения метиловых групп к ДНК (в основном на CpG-сайтах) или ацетилирования белков-гистонов, вызванного активностью регуляторной ДНК и активацией РНК-зависимых ДНК-метилтрансфераз, метиляторов, что часто обусловливает инактивацию промоторов. Такая информация, как правило, не передается по наследству; цвет как видимый индикатор эпигенетических изменений был впервые выявлен у кукурузы. Эпигенетические изменения могут привести к развитию рака, поэтому требуются новые диагностические методы, в частности бисульфитная конверсия, которая предусматривает превращение неметилированных С в геноме в Т, что выявляется при секвенировании.

Эпигенетические изменения – негенетическая модификация ДНК/хроматина, которая возникает в результате мутации, не подчиняющейся законам Менделя, и обусловлена факторами среды (речь идет о присоединении метиловых групп к нуклеотидам ДНК или модификациях ДНК-ассоциированных белков путем ацетилирования), равно как и прочими факторами; а также упаковка ДНК, нормальная для одного поколения, обусловленная средовыми факторами; эти изменения исчезают при оплодотворении, но в ряде случаев также могут передаваться двум последующим поколениям через зародышевые клетки, главным образом в силу стресса, возникающего во время беременности, в частности голода.

ЭС-клетки (ES) – эмбриональные стволовые клетки, которые под действием биомолекулярных стимуляторов могут развиться в одну из 200 специфических (дифференцированных) клеток организма человека. Во многих случаях их запрещено использовать в исследовательских целях. При комбинаторном использовании четырех факторов транскрипции можно вернуть дифференцированные взрослые клетки в эмбриональное состояние (см. iPS-клетки).

Эубиоз – здоровое состояние микробиома кишечника.

Эукариоты – все организмы, чьи клетки содержат ядра, – растения, водоросли, грибы/дрожжи, животные и млекопитающие, включая человека, в отличие от прокариотов, которые не имеют ядер, в частности бактерий.

Brockman, J., The Edge, Annual Question 2005: What do you believe is true even though you cannot prove it?

Blaser, M.J., Missing Microbes (Oneworld Publications, 2014).

Chin, J. (Ed.), Control of Communicable Diseases Manual, American Public Health Association, 2000.

Crawford, D.H., Deadly Companions: How Microbes Shaped Our History (Oxford University Press, New York, 2007).

Domingo, E., Parish, C., and Holland J. (Eds.), Origin and Evolution of Viruses (Academic Press, London, 2008), p. 477.

Dyson, F.J., The Sun, the Genome and the Internet (Oxford University Press, New York, 1999).

Dyson, F.J., The Scientist as Rebel, The New York Review of Books, 2006.

Dyson, F.J., Origins of Life (Cambridge University Press, 1986).

Eigen, M., From Strange Simplicity to Complex Familiarity, A Treatise on Matter, Information, Life andThought (Oxford University Press, 2013).

Frebel, A., Auf der Suche nach den д ltesten Sternen (S. Fischer Press, 2007).

Fischer, E.P., Das Genom (S. Fischer Press, 2004).

Flint, J. et al., Principles of Virology (ASM Press, 2000).

Mahy, B.W.J., The Dictionary of Virology (Academic Press, 2009).

Moelling, K., Are viruses our oldest ancestors? EMBO Reports, 2012; 13:1033.

Moelling, K., What contemporary viruses tell us about evolution – a personal view, Archives Virol. 2013; 158:1833.

Napier, J., Evolution (McGraw-Hill, 2007).

Ryan, F., Virolution (Spektrum Akademic Press, 2010).

Science special issue: HIV and TB in South Africa, Science 2013; 339:873.

Schrödinger, E., What Is Life? (Cambridge University Press, 1967).

van Regenmortel, M. and Mahy, B., Desk Encyclopedia of General Virology (Academic Press, 2009).

Villarreal, L.P., Viruses and the Evolution of Life (American Society of Microbiology Press, 2005).

Watson, J.D., The Double Helix (Norton Critical Edition, 1980; Atheneum, 1980).

Wagener, Ch., Molekulare Onkologie (G. Thieme Verlag, 1999).

Witzany, G., A perspective on natural genetic engineering and natural genome editing. Introduction, Ann. N. Y. Acad. Sci. 2009; 1178: 1–5.

Witzany, G. (Ed.), Viruses: Essential Agents of Life (Springer, 2012).

Zimmer, C., Parasite Rex: Inside the Bizarre World of Nature’s Most Dangerous Creatures (Free Press, 2000). (Циммер К. Паразит – царь природы. – М.: АНФ, 2017)

Zimmer, C., A Planet of Viruses, 2nd ed. (University of Chicago Press, 2015).

Katzourakis, A., Gifford, R.J. et al., Macroevolution of complex retroviruses, Science 2009; 325:1512.

Ziegler, Anna, Photograph 51, theatre play.

Maddox, B., Rosalind Franklin: The Dark Lady of DNA (HarperCollins, 2002).

Watson, J.D., and Crick, F., Molecular structure of nucleic acids: A structure for DNA. Nature, 1974; 248:765.

Crick, F., Central dogma of molecular biology, Nature 1970; 227:561.

Eigen, M., Error catastrophe and antiviral strategy, PNAS2002; 99:13374.

Patel, B.H. et al., Common origins of RNA, protein and lipid precursors in a protometabolism, Nat. Chem. 2015; 4:301.

Sweetlove, L., Number of species on Earth at 8.7 million, Nature 2011, doi:10.1038/news.2011498.

Splicing: Sharp, P.A., The discovery of split genes and RNA splicing, Trends in Biochemical Sciences 2005; 30:279.

Influenza: Taubenberger, J.K., Influenza viruses: Breaking all the rules, MBio. 2013; 4: p.ii: e00365–13.

Fouchier, R.A.M., Garcнa-Sastre, A., and Kawaoka, Y., H5N1 virus: Transmission studies resume for avian flu, Nature 2013; 493:609.

Vaccination: Don’t blame the CIA, Nature 2011; 265:475.

Bioterrorism: Lane, H.C., La Montagne, H.L., and Fauci, A.S., Bioterrorism: A clear and present danger, Nature Med. 2001; 7:1271.

HIV: Cohen, J., AIDS research. More woes for struggling HIV vaccine field, Science 2013; 340:667.

Naked DNA: Weber, R., Bossart, W. et al., Moelling, K., Phase I clinical trial with HIV-1 gp160 plasmid vaccine in HIV-1-infected asymptomatic subjects, Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2001; 11:800.

Lowrie, D.B. et al., Moelling, K., Silva, C.L., Therapy of tuberculosis in mice by DNA vaccination, Nature 1999; 400:269.

Schlitz, J.G., Salzer, U., Mohajeri, M.H. et al., Moelling, K., Antibodies from a DNA peptide vaccination decrease the brain amyloid burden in a mouse model of Alzheimer`s disease, J. Mol. Med. 2004; 82:706.

Microbicide: Haase, A.T., Early events in sexual transmission of HIV for interventions, Annu. Rev. Med. 2011; 62:127.