Карин Мёллинг - Вирусы: Скорее друзья, чем враги

Колд-Спринг-Харбор (Cold Spring Harbor) – лаборатория, издательство и место проведения конференций; находится недалеко от Нью-Йорка; на базе данной лаборатории проводятся симпозиумы по количественной биологии.

Ламарктизм – наследование приобретенных качеств, заявленное ботаником и философом Жаном Батистом Ламарком.

ЛБ – лимфома Буркитта. Также см. ВЭБ (EBV)

Литическая фаза – разрушение бактерии-хозяина фагом, который лизирует бактерию-хозяина в силу стресса и других факторов среды, вызывает дерепрессию и продуцирует большое количество потомков – вирусных частиц. Противоположностью разрушению является «лизогенная фаза», при которой фаговая ДНК интегрируется, становясь постоянной или устойчивой.

Метагеном – сумма всех геномов организма, любого образца, экосистемы, канализационных стоков, фекалий, легких и т.д.

Метастаз – опухолевая клетка, выходящая за пределы клеточной массы опухоли и размещающаяся на других участках организма; рост переместившихся клеток приводит к развитию опухоли в других локациях; поздняя стадия рака.

Механизм сайленсинга siРНК. Малая регуляторная или сайленсорная РНК возникает из информационной мРНК или вирусных двухцепочечных РНК-интермедиатов путем процессинга и расщепления при помощи фермента Drosha (молекулярных «ножниц»); она экспортируются из ядер, далее подвергается обработке при помощи RISC, и получается двухспиральная цепочка примерно из 22 нуклеотидов, затем происходит удаление одной цепочки РНК, а другая связывается в РНК-мишени с соответствующей последовательностью, расщепляет ее и таким образом прекращает трансляцию и экспрессию белка, обуславливая сайленсинг или полное выключение какого-либо гена. Известны два эффекта сайленсинга – во-первых, транскрипционный сайленсинг гена (ТСГ), действующий на промотор путем РНК-индуцированного метилирования, а во-вторых, посттранскрипционный сайленсинг гена (ПТСГ), при котором происходит связывание siРНК с транскрибированной мРНК гена и ее расщепление, что приводит к сайленсингу генной экспрессии и прекращению трансляции.

Микробиом – описание коллективного генома всех микроорганизмов в образце; у человека бактериальных клеток в 10 раз больше, чем клеток организма, в том числе около 5 млн бактериальных генов в дополнение к 20 000 оригинальных генов человека; это наш второй геном.

Микробиота – сообщество микроорганизмов, ранее называвшееся микрофлорой; микробиота населяет определенные места обитания в организме, в частности, кишечник, влагалище, кожу; чаще всего гомологична микробиому.

Митохондрия, митохондрии – «электростанция» эукариотических клеток; является поставщиком клеточной химической энергии; появилась из бактерии, «захваченной» при симбиозе; при этом потеря генов составляет до 90% и наблюдается высокая степень специализации.

мкРНК (miR). Микро-РНК получается из предшественника двухцепочечной РНК, процессированного белковым комплексом RISC при помощи молекулярных «ножниц» (вышеупомянутый Argonaute содержит домены Paz и PIWI), которые разделяют цепочки; одна цепочка уничтожается, а другая специфически связывает последовательность с целевой (таргетной) РНК, подлежащей уничтожению. RISC – это РНК-индуцированный комплекс сайленсинга.

МНТФ (BDNF) – мозговой нейротрофический фактор, сигнальная молекула, играющая роль в коммуникации между кишечником и клетками головного мозга.

Монофилетическая ветвь ( clade ) – группы ВИЧ, в которых поверхностные белки обладают определенными характеристиками; M (основная группа) – пандемическая, C – преобладает в Южной Африке.

МРЗС – метициллин резистентный золотистый стафилококк; характеризуется множественной резистентностью и является госпитальным контаминантом, что повышает угрозу для пациентов и показатель смертности.

Мутант – генетически измененный ген; изменения могут быть спонтанными или приобретенными, а также возникшими в результате экспериментов, проводимых в пробирке, что может сформировать резистентность к противовирусной и противораковой терапии.

Мыши агути (трансгенные) – мыши, окрас которых указывает на средовые эффекты, включая канцерогены; шерсть желтого цвета и ожирение свидетельствуют о том, что мыши едят корм, содержащий канцерогены, что вызывает эпигенетические изменения; генетически они идентичны здоровым худым мышам темного окраса.

НАСА – Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства.

нАт (bnAB) – нейтрализующие антитела широкого спектра к различным штаммам ВИЧ, которые нейтрализуют вирус, блокируют захват клеткой вируса и инфицирование.

Некодирующие – некодирующие ДНК или РНК, не содержащие триплеты, поэтому в них нет информации для белков; не кодируют аминокислоты; зачастую выполняют регуляторные функции, регулируют структурную информацию и осуществляют взаимодействие последовательностей.

Нуклеиновая кислота – полимер, состоящий из нуклеотидов, деоксирибонуклеотидов или рибонуклеотидов, формирующих ДНК или РНК соответственно, а также, возможно, из химерных ДНК и РНК, одно и двухцепочечных, линейных, кольцевых и сегментированных геномов.

Нуклеотид – строительный блок нуклеиновых кислот, рибонуклеотиды применительно к РНК или дезоксирибонуклеотиды в случае ДНК; состоит из сахарида (рибозы или дезоксирибозы) и одного из четырех оснований – аденина (A), тимина (T), гуанина (G), цитозина (C) для ДНК и A, урацил (U вместо T), G, C для РНК. Также называется основанием или парой оснований (в случае двухцепочечной конструкции).

Обратная транскриптаза или ОТ – РНК-зависимая ДНК-полимераза, открытая как фермент для репликации, но имеющая практически универсальное значение для транскрипции РНК в двухцепочечную ДНК, которая интегрируется в геномы «хозяев»; зачастую объединяется с нуклеазой, рибонуклеазой Н или РНКазой Н, которая по завершении обратной транскрипции удаляет вирусную РНК из гибридов РНК–ДНК, в силу чего образуется сначала одноцепочечная, а потом двухцепочечная ДНК; этот механизм также используется параретровирусами, в частности вирусом гепатита В у человека или вирусами растений, например вирусом мозаики цветной капусты, «пенистыми» вирусами обезьян. Это в высшей степени универсальный фермент, присутствующий в бактериях, планктоне и дрожжах; вполне возможно, что он сыграл очень важную роль в эволюции как генератор или «изобретателя» ДНК. ОТ используется ретротранспозонами, присутствует в бактериях, реплицируясь в тысячах копий для неизвестных функций; кроме того, она отмечается в некоторых фагах; подверженный ошибкам фермент вызывает ярко выраженный эффект мутирования (образование квазивидов), что приводит к инновациям и формирует резистентность к препаратам и вакцинам, делая их неэффективными; является мишенью нескольких противовирусных терапий. Это самый распространенный в биосфере фермент благодаря большому числу транспозируемых элементов, которые кодируют обратную транскриптазу; на долю ОТ приходится 13,5% коллективного генома в образцах, собранных в океане, и 5% генома человека.