Ирина Якутенко - Вирус, который сломал планету. Почему SARS-CoV-2 такой особенный и что нам с ним делать

Слово «почти» здесь очень важно. Из-за того что вакцина и реальный возбудитель не одно и то же, они выглядят для организма по-разному. Соответственно, иммунная система реагирует на них по-разному. Чем лучше вакцина, тем больше спровоцированный ею иммунный ответ похож на тот, что развивается при встрече с настоящим патогеном. Ниже мы поговорим об этом подробнее.

Хотя ВИЧ-инфекция — одна из двух продолжающихся сегодня пандемий и она, безусловно, представляет угрозу для общества, вызывающий болезнь вирус слишком хорошо уходит от иммунного ответа. Поэтому ВИЧ-инфекция — редкий пример опасного и распространенного вирусного заболевания, которое удается контролировать при помощи специфических противовирусных лекарств, а не вакцинации.

На самом деле иммунный ответ развивается и на белки, которые находятся внутри вирусной оболочки. Но он формируется другим способом и нередко не связан с выработкой антител, поэтому при создании вакцин ученые редко принимают его во внимание.

В качестве плацебо часто используют не «пустышку», а, например, вакцину от другого заболевания.

Еще один вариант — вирус был уничтожен исключительно силами врожденного иммунитета. Чтобы проверить эту версию, необходимо определить, есть ли в крови таких переболевших Т-клетки памяти, запомнившие антигены SARS-CoV-2. Если они есть — значит, при инфекции была активирована Т-клеточная ветвь, то есть приобретенный иммунитет. Отсутствие «воспоминаний» о вирусе в образцах будет свидетельствовать, что включался только врожденный иммунитет.

Теоретически у настоящего вируса S-белок может отличаться от спайка из векторных и тем более субъединичных вакцин — например, S-белок может быть прикрыт от иммунной системы другими структурами вирусной оболочки. Чтобы убедиться, что антитела, выработанные в результате вакцинации, узнают спайк-белок в боевых условиях, с кровью привитых добровольцев проводят тест на нейтрализацию вируса, то есть добавляют плазму с антителами к содержащему вирус раствору, оставляют на некоторое время для реакции, а затем капают этот раствор на культуры клеток. Если после проделанных манипуляций вирус теряет способность инфицировать клетки — значит, в плазме были нейтрализующие антитела.

Полимеразу, работающую в ПЦР, выделяют из термостойких бактерий, так как технология требует многократного нагревания реакционной смеси до высоких температур

Вторая нить не идентична первой: она ей комплементарна. Нуклеотиды как ДНК, так и РНК легко «спариваются» друг с другом: А (аденин) образует пару с Т (тимином), а Г (гуанин) с Ц (цитозином). Соответственно, если полимераза видит последовательность ААТТГГЦАЦ, она построит новую нить ТТААЦЦГТГ. В случае РНК вместо тимина пару с аденином образует урацил (У).

Вероятнее всего, IgA тоже появляются относительно рано, но про их динамику мало что известно, поэтому для диагностики тестирование на них не используют.

Это лишь один из возможных принципов тест-полосок, возможны и другие.

Еще один важный вопрос — количественным или качественным был серологический тест, который вы делали. По титру антител, особенно если у вас обнаружены и IgG, и IgM, можно сделать вывод о стадии болезни. Грубо говоря, если IgM достаточно много, вероятно, вы заразились недавно (но все равно опасности для окружающих, скорее всего, не представляете, так как стандартные тесты стабильно выявляют антитела не раньше 14-го дня после проявления симптомов). Если же количество IgM на грани обнаружения, а титр IgG при этом высокий, скорее всего, с момента заражения прошло много времени. Качественный или полуколичественный тест (такие тесты выдают не точную цифру, а превышение над условной нормой) определить точный титр не может, он только выявляет сам факт наличия антител. Поэтому имеет смысл поинтересоваться, какой именно тест используют в той лаборатории или поликлинике, где вы решили сдать анализ.

Впрочем, есть и другие причины. Создатели тестов и использующие их медики жалуются, что ложноположительные результаты могут появляться, если у пациента повышенное содержание холестерина и в целом липидов, высокий гемоглобин и другие особенности биохимии.

Напомню сам анекдот: двух путешественников на воздушном шаре бурей отнесло в незнакомую местность. Опустившись на землю, воздухоплаватели увидели прохожего и задали ему вопрос, где они находятся. Тот ответил: «На воздушном шаре» — и ушел. «Я думаю, это был математик», — после некоторого молчания сказал один из путешественников. «Почему?» — спросил второй. «Его ответ абсолютно точен — и совершенно бесполезен».

Чтобы использовать такой метод оценки, необходимо предварительно определить, у какого процента тех, кто перенес COVID-19, появляются антитела.

Позже, когда врачи и ученые стали лучше понимать патогенез коронавирусной инфекции, интубировать пациентов стали гораздо реже. Во-первых, медики научились отчасти предотвращать переход в критическую фазу, а во-вторых, стало понятно, что сама по себе ИВЛ не панацея и большая часть интубированных пациентов все равно умирает.

Это тоже некоторое упрощение: в зависимости от структуры популяции R 0также может варьировать. Грубо говоря, в большом густонаселенном городе оно будет выше, чем в сельской местности с плохо налаженными коммуникациями.

Есть и другие причины, из-за которых тест-системы на основе реакции LAMP не получили широкого распространения. Первая — долгий и муторный процесс валидации, на который многие лаборатории не готовы. Вторая причина — LAMP требует тех же реактивов, что и обычная ОТ-ПЦР. Из-за коронавируса на них и так гигантский спрос, и заказчики буквально выстраиваются в очередь. Обеспечить необходимыми субстанциями еще один сегмент прямо сейчас производители не в состоянии [369] «(57) Coronavirus-Update: Goldstandard bleibt der PCR-Test», NDR Info — Das Coronavirus-Update mit Christian Drosten , 24-Sep-2020. .

Все эти рассуждения основаны на идее, что после встречи с SARS-CoV-2 у людей сохраняется длительный иммунитет. Пока это неочевидно: точно мы знаем только то, что его хватает на несколько месяцев. Это было написано в середине лета — и уже в сентябре стало ясно, что этот сценарий в полной мере реализовался.

S. Duffy, «Why are RNA virus mutation rates so damn high?», PloS Biol. , vol. 16, no. 8, p. e3000003, Aug. 2018.

C. A. Suttle, «Viruses in the sea», Nature , vol. 437, no. 7057, pp. 356–361, Sep. 2005.