Ирина Якутенко - Вирус, который сломал планету. Почему SARS-CoV-2 такой особенный и что нам с ним делать

Повторюсь: вирусы не обладают разумом и не сидят ночами, планируя, как бы поработить еще больше жертв. Этот механизм они получили в ходе случайных мутаций или рекомбинации (обмена кусками генетического материала) с другими вирусами. Просто так удобнее описывать происходящее.

По названию белка можно узнать, что он делает. Окончание — аза указывает на то, что белок обладает ферментативной активностью, то есть может катализировать какую-нибудь химическую реакцию. Первая часть названия отражает субстрат, реакцию с которым катализирует фермент, — в данном случае это протеины, то есть белки. По тому же принципу фермент, липаза катализирует расщепление жиров, а рибонуклеаза, или РНКаза, отвечает за расщепление рибонуклеиновых кислот. На самом деле это только одна из классификаций (есть еще, например, классификация по типу катализируемой реакции), но знать именно ее полезно, так как она позволяет, не залезая в «Википедию» или учебник биохимии, сразу понять, какую функцию выполняет тот или иной белок.

Столь существенная разница связана не с тем, что ДНК-полимеразы не допускают ошибок: допускают, но умеют самостоятельно исправлять их.

Хотя, разумеется, даже у самых коварных патогенов это получается не в 100 % случаев.

Если говорить о более строгом определении, эукариоты — это существа, большая часть ДНК которых спрятана в ядре — особом пространстве, отделенном от цитоплазмы мембраной. В противовес им у прокариот, к которым относятся бактерии и археи, такого выделенного пространства для хранения ДНК нет. Геном прокариот свободно «болтается» в цитоплазме либо может быть связан с какими-то структурами, но он в любом случае не отделен от цитоплазмы мембраной стенкой.

Впрочем, в подавляющем числе случаев эти патогены эффективно не распространялись среди людей, и болезни ограничивались очень небольшим количеством зараженных.

«Похоже» — так как это предположение все еще находится на стадии гипотезы. Как и многое, что имеет отношение к нынешней эпидемии.

Хотя при заражении ретровирусами, которые тоже несут РНК-геном, на определенной стадии их жизненного цикла синтезируется ДНК-интермедиат.

Мы внезапно перешли от нуклеотидных последовательностей к аминокислотным, так как некоторые изменения в геномах коронавирусов могут не влиять на последовательность синтезируемых белков. Одна аминокислота кодируется тремя нуклеотидами, причем одну и ту же аминокислоту могут кодировать несколько троек нуклеотидов — их называют кодоны. «Неважные» нуклеотиды — то есть те, которые можно поменять, не влияя на итоговое значение кодона, — находятся в позициях три и иногда два. Мутации по этим позициям не влияют на аминокислотную последовательность белков.

Впрочем, уже летом изрядная часть этих людей (по крайней мере, в России) смело отправилась на переполненные морские курорты. И разумеется, на побережье никто не носит ни маску, ни перчатки. Да и в целом в мире к осени настроения изменились: люди устали бояться, начали считать, что коронавирус не так уж опасен, и стали массово «забивать» на меры предосторожности.

Это означает, что компетентные рецензенты, работающие в той же области науки, внимательно прочли статьи и не нашли в методах и выводах авторов серьезных огрехов. Другими словами, результатам, которые опубликованы в таких уважаемых журналах, а не, скажем, в виде препринта или на личной странице авторов, доверия намного больше.

Если у нас есть набор данных, например о длительности инкубационного периода, медиана делит его надвое так, что количество случаев, когда длительность больше и меньше этого значения, одинаково. Очень часто медиана намного лучше характеризует свойства набора данных, чем среднее, так как среднее склонно смещаться в сторону экстремумов — явно аномальных величин, а медиана к такому смещению устойчива.

Слово «карнавал» может смущать, но на деле этот традиционный праздник представляет собой нечто вроде ярмарки со множеством маленьких забегаловок или просто столиков, где люди собираются вместе выпить пива, поболтать и попеть.

Хотя постепенно накапливается все больше данных, что у значительного числа переболевших остается длительный «хвост» недомоганий, которые проходят довольно медленно. Мы подробнее поговорим о них ниже в этой главе.

Пептидами принято называть короткие белки. Впрочем, иногда это слово или его вариант «полипептид» используется как полный синоним белка.

На самом деле авторы не оценивали количество собственно белков. Они анализировали, сколько в клетках РНК, с которых эти белки синтезируются. Хотя часто эти два параметра совпадают, для окончательной уверенности необходимо показать, что на поверхности изученных клеток действительно одновременно присутствуют оба белка. Но сделать это технически намного сложнее, чем определить, есть ли в клетках РНК, соответствующая тому или иному белку.

Это далеко не единственное объяснение, почему у одних людей COVID-19 переходит в тяжелую форму, а другие даже не замечают, что чем-то переболели. Скорее всего, сценарий развития болезни определяют сразу несколько факторов, играющих «за» или «против». Ниже мы обсудим многие из них.

Так как ПЦР-тесты ловят вирус далеко не всегда, в действительности процент детей, получивших SARS-CoV-2 от матери, может быть выше.

Ученые обнаружили активацию Т-клеток памяти и появление специфических к различным эпитопам этих белков CD4-лимфоцитов и CD8-лимфоцитов (Т-хелперов и Т-киллеров).

Важно оговориться, что работа выполнена на малом числе пациентов — 37. Тем не менее это исследование во многом задает направления, в которых имеет смысл двигаться при изучении вопроса.

На самом деле все сложнее, и при «нормальном» иммунном ответе врага узнают не только B-, но и Т-клетки (им показывают куски «вторженцев» особые антигенпрезентирующие клетки), которые затем активируют В-лимфоциты. Это позволяет запустить иммунный ответ при гораздо меньших концентрациях патогена. Т-клетки тоже проходят через мутационный процесс и тоже могут узнавать бесчисленное множество чужеродных молекулярных мотивов. При этом мутации проходят независимо от тех, что идут в B-клетках, и активированная Т-клетка должна найти и возбудить только ту B-клетку, которая случайно узнает тот же мотив, — и это далеко не все чудеса. Иммунная система — одна из самых хитроумных и запутанных систем нашего организма, многие детали работы которой мы всё еще не понимаем. Поэтому не стоит принимать на веру гуляющие по интернету «простые» объяснения того, что происходит при какой-нибудь болезни, и верить советам в духе «для укрепления иммунитета отлично помогает вот эта травка».