Чарльз Эллис - Эпигенетика

— Ресурс по геному риса http://www.tigr.org/tdb/e2kl/osa1/

C. elegans

— Портал к ресурсам по C. elegans http://www.wormbase.org/

— ENSEMBL — портал по анализу генома C. elegans http://www.ensembl.org/Caenorhabditis_elegans/index.html

— Портал к сайтам по геномным последовательностям, родственным С elegans , и их анализу http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/

Drosophila

— База данных по геному Drosophila http://www.flybase.net

— ENSEMBL-портал геномного анализа!), melanogaster http://www.ensembl.org/Drosophila_

X. laevis

— Информационная база данных http://www.xenbase.org/

Мышь

— Информатика генома мыши http://www.informatics.jax.org

— Ресурс по штаммам мышей http://jaxmice.jax.org/index.html

— Проект Бейлора по геному мыши http://www.mouse-genome. bcm.tmc.edu/

— ENSEMBL — pecypc по мыши http://www.ensembl.org/Mus_musculus/index html

Человек

— Портал ресурсов по геному человека http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide_human/

— ENSEMBL — портал ресурсов по геному человека http://www.ensembl.org/Homosapiens/index.html

— GDB — база данных по геному человека http://www.gdb.org

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

K5ac | Hs, Sc | Tip60, p300/CBP, Hat1 | Активация транскрипции | Yamamoto and Horikoshi, 1997; Kimura and Horikoshi, 1998; Verreault etal., 1998

K9bio | — | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и в клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

K7ac | Sc | Hat1 Esa1 | Активация транскрипции | Suka et al., 2001

K13bio | — | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

K119ub1 | Dm. Hs | dRing, RING IB | Polycomb-сайленсинг, Реакция на УФ-повреждение | Wang et al., 2004; Kapetanaki et al., 2006

S121ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. | Теломерный сайленсинг | Wyatt et al., 2003; Harvey et al., 2005

T125ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. Теломерный сайленсинг | Wyatt et al., 2003

K126bio | Hs | HCS биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b, Chew et al., 2006

K126su | Sc | Репрессия транскрипцииБлокирует ацетилирование и убиквитинирование гистонов | Nathan et al., 2006

K127bio | Hs | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

S128ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. Теломерный сайленсинг | Downs et al., 2000; Redon et al., 2003; Wyatt et al., 2003; Downs et al., 2004

K130bio | Hs | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006

Дополнительные модификации Н2А:

S1ph, К4ас, K13me, K15ас, K21ас, K36ас, K74me, K75me, R77me, K95me, T120ph, карбонилирование Н2А (Pantazis and Bonner, 1981; Song et al., 2003; Alhara et al., 2004).

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

К5ас | Hs | — | Активация транскрипции | Puerta et al., 1995; Galasinski et al., 2002

S10ph | Sc | Ste20 | Апоптоз | Ahn et al., 2005

S14ph | Hs, Mm | Mst1/krs2 киназа | Апоптоз. Соматическая гипермутация и рекомбинация с переключением классов | Ajiro, 2000; Cheung et al., 2003; Odegard et al., 2005

K16su | Sc | — | Репрессия генов | Nathan et al., 2006

K17su | Sc | — | Репрессия генов | Nathan et al., 2006

S33ph | Dm | CTK | Активация транскрипции | Maile et al., 2004

K120ub | Hs | — | Прогрессия по клеточному циклу в сочетании с SAGA для транскрипционной активации посредством метилирования H3, мейоз | Robzyk et al., 2000; Sun and Allis, 2002; Kao et al., 2004

K123ub | Sc | Rad6(E2)Brel(E3)-ub1 | Теломерный сайленсинг путем снижения метилирования гистонов по H3K4 и H3K79 | Emre et al., 2005

Дополнительные модификации Н2В:

E2am, K5me, K6su, K7su, K11ac, K12ас, K15ас, K16ас, K20ас, K23me, K24ас, S32ph, K43me, K85ас, R99me, K108ас, K116ас, Kарбонилирование Н2В, биотинилирование Н2В (Rouleau et al., 2004).

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

R2me | Hs Mm | CARM1-me2a | Экспрессия генов | Chen et al., 1999; Schurter et al., 2001

T3ph | Hs At | Haspin | Центромерная функция митотического веретена | Polioudaki et al., 2004; Dai et al., 2005

K4me | Sc | Setl-me3 | Сайленсинг rDNA, теломерный сайленсинг. Активация транскрипции | Briggs et al., 2001; Roguev et al., 2001; Nagy et al., 2002; Bryk et al., 2002; Bernstein et al., 2002; Santos-Rosa et al., 2002

K4me | Tt | ? | Активация транскрипции | Strahl et al. 1999

K4me | Hs | SET7/Set9-me1 | Активация транскрипции | H. Wang et al., 2001a; Nishioka et al., 2002a; Wilson et al., 2002; Zegerman et al., 2002

K4me | Ds Hs | MLLMLL2-me3 MLL3 | Активация Trithorax | Milne et al., 2002; Nakamura et al., 2002

K4me | Ds Hs | Ash1-me2 | Активация Trithorax | Beisel et al., 2002; Sanchez-Eisner et al., 2006

K4me | Hs | SMYD3-me3 | Активация транскрипции | Hamamoto et al., 2004

K9ac | Mm Sc | Meisetz-me3SAGA | Прогрессия мейотической профазы. Активация транскрипции | Hayashi et al., 2005 Grant et al., 1999

K9ac | Hs | SRC1 | Коактиватор ядерного рецептора | Spencer et al. 1997; Schubeler et al., 2000: Vaquero et al., 2004

K9ac | Dm | Активация транскрипции | Nowak et al., 2000

K9me | Mm, Hs | G9a-me1, me2 | Активация транскрипции. Импринтинг | Tachibana et al., 2001, 2002; Ogawa et al., 2002; Xin et al., 2003

K9me | Dm | Su(var)3-9-me2 | Доминантный модификатор PEV | Czermin et al., 2001; Schotta et al., 2002; Ebert et al., 2004

K9me | Mm | Suv39h1-me3 Suv39h2-me3 | Перипентрический гетерохроматин | O’Carroll et al., 2000; Rea et al., 2000; Lachner et al., 2001; Peters et al., 2001

K9me | Hs | SUV39H1-me3 | Rb-опосредованный сайленсинг | Nielsen et al., 2001; Vandel et al., 2001

K9me | Sp | Clr4-me1, me2 | Сайленсинг центромеры и типа спаривания | Bannister et al., 2001; Nakayama et al., 2001

K9me | Nc | Dim5-me3 | Метилирование ДНК | Tamaru and Selker, 2001

K9me | At | KRYPTONITE-me2 | Метилирование ДНК | Jackson et al., 2002, 2004

K9me | Hs | EuHMTase 1-me1, me2 | Репрессия транскрипции | Ogawa et al., 2002; Tachibana et al., 2005

K9me | Hs, Mm | ESET-me2, me3 | Репрессия транскрипции | Schultz et al., 2002; Yang et al., 2002; Dodge et al., 2004; Wang et al., 2004

K9me | Dm, Hs | Ash1-me2 | Активация Trithorax | Beisel et al., 2002

K9me | Hs | R1Z1-me2 | Супрессия опухоли и ответ на женские половые гормоны | Kim et al., 2003; Carling et al., 2004

S10ph | Sc | Snf1 | Активация транскрипции | Lo et al., 2001

S10ph | Dm | |il-1 | Транскрипционная ап-регуляция мужской Х-хромосомы | Jin et al., 1999; Y. Wang et al., 2001

S10ph | Hs | Rsk2 | Активация транскрипции немедленных ранних генов (в сочетании с ацетилированием H3K14) | Sassone-Corsi et al., 1999; Thomson et al. 1999;

S10ph | Hs | Msk1 | Активация транскрипции немедленных ранних генов (в сочетании с ацетилированием H3K14) | Cheung et al., 2000;

S10ph | Hs | Msk2 | Активация транскрипции немедленных ранних генов (в сочетании с ацетилированием H3K14) | Clayton et al. 2000

S10ph | Hs | IKKa | Транскрипционная ап-регуляция | Anest et al., 2003; Yamamoto et al, 2003

S10ph | Sc, Ce | Ipl1/AuroraB | Конденсация митотических хромосом | Hendzel et al., 1997; Wei et al.. 1999: Hsu et al., 2000

S10ph | An | NIMA | Конденсация митотических хромосом | De Souza et al., 2000

S10ph | Hs, Ce | Fyn kinase | UVB-индуцированный МАР-киназный путь | He et al., 2005

T11ph | Hs | Dlk/ZIP | Митоз-специфичное фосфорилирование | Preussetal., 2003

K14ac | Sc, Tt, Mm | Gcn5 | Активация транскрипции | Brownell et al., 1996; Kuo et al., 1996

K14ac | Hs, Dm TAF„230 TAF„250 | Активация транскрипции | Mizzen et al., 1996