Чарльз Эллис - Эпигенетика

Romanov S.R., Kozakiewicz B.K., Hoist C.R., Stampfer M.R., Haupt L.M., and Tlsty T.D., 2001. Normal human mammary epithelial cells spontaneously escape senescence and acquire genomic changes. Nature 409: 633-637.

Rountree M.R., Bachman K.E., and Baylin S.B., 2000. DNMT1 binds HDAC2 and a new co-repressor, DMAP1, to form a complex at replication foci. Nat. Genet. 25: 269-277.

Sakai T., Toguchida J., Ohtani N., Yandell D.W., Rapaport J.M., and Dryja T.P., 1991. Allele-specific hypermethylation of the retinoblastoma tumor-suppressor gene. Am. J. Hum. Genet. 48: 880-888.

Sakatani T., Kaneda A., Iacobuzio-Donahue C.A., Carter M.G., de Boom Witzel S., Okano H., Ko M.S., Ohlsson R., Longo D.L., and Feinberg A.P., 2005. Loss of imprinting of Igf2 alters intestinal maturation and tumorigenesis in mice. Science 307: 1976-1978.

Silverman L.R., Demakos E.P., Peterson B.L., Komblith A.B., Holland J.C., Odchimar-Reissig R., Stone R.M., Nelson D., Powell B.L., DeCastro CM., et al., 2002. Randomized controlled trial of azacitidine in patients with the myelodysplastic syndrome: A study of the cancer and leukemia group B. J. Clin. Oncol., 20: 2429-2440.

Srinivasan P.R. and Borek E., 1964. Enzymatic alteration of nucleic acid structure. Science 145: 548-553.

Suzuki H., Gabrielson E., Chen W., Anbazhagan R., van Engeland M., Weijenberg M.P, Herman J.G., and Baylin S.B., 2002. A genomic screen for genes upregulated by demethylation and histone deacetylase inhibition in human colorectal cancer. Nat. Genet. 31: 141-149.

Suzuki H., Watkins D.N., Jair K.W., Schuebel K.E., Markowitz S.D., Chen W.D., Pretlow T.P., Yang B., Akiyama Y., Van Engeland M., et al., 2004. Epigenetic inactivation of SFRP genes allows constitutive WNT signaling in colorectal cancer. Nat. Genet. 36: 417-422.

Toyota M., Ho C., Ahuja N., Jair K.W, Li Q., Ohe-Toyota M., Baylin S.B., and Issa J.P., 1999. Identification of differentially methylated sequences in colorectal cancer by methylated CpG island amplification. Cancer Res. 59: 2307-2312.

Ushijima T., 2005. Detection and interpretation of altered methylation patterns in cancer cells. Nat. Rev. Cancer 5: 223-231.

Veigl M.L., Kasturi L., Olechnowicz J., MaA.H., LutterbaughJ.D., Periyasamy S., Li G.M., Drummond J., Modnch P.L., Sedwick W.D., and Markowitz S.D., 1998. Biallelic inactivation of hMLHl by epigenetic gene silencing, a novel mechanism causing human MSI cancers. Proc. Natl. Acad. Sci. 95: 8698-8702.

Wales M.M., Biel M.A., el Deiry W., Nelkin B.D., Issa J.P., Cavenee W.K., Kuerbitz S.J., and Baylin S.B., 1995. p53 activates expression of HIC-1, a new candidate tumour suppressor gene on 17pl3.3. Nat. Med. 1: 570-577.

Wijermans P., Lubbert M., Verhoef G., Bosly A., Ravoet C, Andre M., and Ferrant A., 2000. Low-dose 5-aza-2’-deoxycytidine, a DNA hypomethylating agent, for the treatment of high-risk myelodys-plastic syndrome: A multicenter phase II study in elderly patients. J. Clin. Oncol. 18: 956-962.

Wolf P., Hu Y.C., Doffek K., Sidransky D., and Ahrendt S.A., 2001. 0 6-methylguanine-DNA methyltransferase promoter hypermethylation shifts the p53 mutational spectrum in non-small cell lung cancer. Cancer Res. 61: 8113-8117.

Wolffe A.P., 2001. Chromatin remodeling: Why it is important in cancer. Oncogene, 20: 2988-2990.

Yamashita K., Upadhyay S., Osada M., Hoque M.O., Xiao Y., Mori M., Sato R., Meltzer S.J., and Sidransky D., 2002. Pharmacologic unmasking of epigenetically silenced tumor suppressor genes in esophageal squamous cell carcinoma. Cancer Cell 2: 485-495.

Chromatin Structure and Function ? Страница ресурсов по хроматину Джима Боуна http://www .chromatin.us

Epigenome Network of Excellence ? Web-сайт Европейской междисциплинарной сети исследований по эпигенетике http://www.epigenome-noe.net

HEP ? Исследовательский консорциум по проекту «Эпигеном человека» http://www.epigenome.org/

ENCODE ? Энциклопедия элементов ДНК: идентификация функциональных элементов у человека http://www.genome.gov/12513456

ChromDB ? База данных по хроматину растений http://www.chromdb.org/

The NHGRI histone database ? Содержит информацию по последовательностям гистонов http://research.nhgn.nih.gov/histones/

Abeam histone page ? Содержит загрузки карт модификаций гистонов http://www.abcam.com/chromatin

Histone.com page (Upstate) ? Карта модификаций гистонов, созданная Upstate http://www.histone.com/modification_map . htm

NPD-Nuclear Protein Database ? Коллекция известных белков позвоночных, локализованных в ядре http://npd.hgu.mrc.ас.uk/index.html

Chromatin proteins ? Линк с исследованиями on the NPD site ограниченными семействами белков хроматина http://www.epigenome-noe.net/researchtools/structure.php

Flybase chromatin page ? Покрывает Polycomb, trithorax и другие белки хроматина у Drosophila http://flybase.bio.indiana.edw'allied-data/lkinteractive-fly/aignfam/polycomb.htm

MethDB ? База данных по метилированию ДНК человека http://www.methdb.de/

DNA methylation society ? Web-сайт, посвященный аспектам биологического метилирования http://www.dnamethsoc.com/

CpG island searcher ? Алгоритм поиска последовательности островков CpG http://www.uscnorris.com /cpgislands2/cpg.aspx

Mouse genomic imprinting ? Хромосомные карты мыши, показывающие известные импринтированные районы http://www.mgu.har.mrc.ас.ик/research/imprinting/

Gene Imprint ? Информационные ресурсы WWW по геномному импринтингу http://www.geneimprint.com/index.html

Impnnted Gene Catalogue ? База данных по импринтированным генам http://igc.otago.ac.nz/home.html

Candidate imprinted transcripts ? Ресурс предсказанного импринтированного транскриптома человека и мыши http://fantom2.gsc.riken.go.jp/imprinting/ (продолжение на следующей странице)

NONCODE ? База данных, посвященных некодирующим РНК http://www.bioinfo.org.cn/NONCODE

RNAdb ? База данных по некодирующим РНК млекопитающих http://research.imb.uq.edu.au/madb

Micro RNAdb ? База данных по микроРНК эукариот http://166.111.30.65/micromadb/

miRBase ? Ресурс данных по микроРНК http://microma.sanger.ас.uk/

NARNA ? Платформа для поиска природных антисмысловых транскриптов http://www.nama.ncl.ас.uk/

ASRP ? Ресурс данных по малым siPHK и miPHK Arabidopsis thaliana http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/

Коммерческие сайты ресурсов по эпигенетике

Abeam ? Поставщики антител к гистонам http://www.abeam.сот/

Upstate ? Поставщики антител к гистонам http://www.upstatebiotech.сот/

Epigenomics ? Диагностический скрининг метилирования ДНК http://www.epigenomics.com/

NCBI ? Портал к сайтам по множественному геномному анализу и ссылкам http://www.ncbi.nlm.nih.gov

ENSEMBL ? Браузер по эукариотическим геномам http://www.ensembl.org

UCSC Genome Bioinformatics ? Портал геномных последовательностей и ресурсов http://genome . ucsc.edu

EBI ? Портал к различным ресурсам по компьютерному анализу генома и протеома http://www.ebi.ac.uk/services

Sanger Institute ? Портал к ресурсам по последовательностям, биоинформатике и протеомике http://www.sanger.ac.uk/

BCM Search Launcher ? Портал для поиска последовательностей и средств анализа http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/docs/sl_links.html

zPicture ? Средства сравнительного анализа последовательностей http://zpicture.dcode.org

iHOP ? Информация с гиперссылками по ресурсам белок — белок http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/

Repeat Masker ? Алгоритм повторящихся последовательностей для идентификации повторяющихся последовательностей ДНК http://repeatmasker.org

Primer 3 ? Базирующаяся на Web программа конструирования праймеров http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3.cgi

S. cerevisiae

— SGD — база данных по геному Saccharomyces http://www.yeastgenome.org

— ENSEMBL ? портал анализа генома S. cerevisiae http://www.ensembl.org/Saccharomyces_cerevisiae/index.html

S. pombe

— Портал к сайтам по геномным последовательностям, родственным S. pombe , и по их анализу http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pombe/

T. thermophda

— TGD — база данных по геному Tetrahymena http://www.ciliate.org/

— Проект по секвенированию макронуклеарного генома Tetrahymena http://www.genome.gov/12512294

A. thaliana

— TAIR — ресурс информации по Arabidopsis GRAMENE — сравнительная геномика трав http://www.arabidopsis.org http://www.gramene.org/