Чарльз Эллис - Эпигенетика

K14ac | Hs | p300 | Активация транскрипции | Schiltz et al., 1999

K14ac | Hs | PCAF | Активация транскрипции | Schiltz et al., 1999

K14ac | Mm | SRC1 | Коактиватор ядерного рецептора | Spencer et al., 1997

R17me | Hs, Mm | CARM1 | Активация транскрипции (в сочетании с ацетилированием H3K18/23) | Chen et al., 1999; Schurter et al., 2001; Bauer et al., 2002; Daujat et al., 2002

K18ac | Sc | SAGA Ada Активация транскрипции | Grant etal., 1999

K18ac | Hs | p300 | Активация транскрипции | Schiltz etal., 1999

K18ac | Hs | СВР | Активация транскрипции (в сочетании с метилированием H3R17) | Daujat et al., 2002

K23ac | Sc | SAGA | Активация транскрипции | Grant etal., 1999

K23ac | Hs | СВР | Активация транскрипции (в сочетании с метилированием H3R17) | Daujat et al., 2002

R26me | Hs | CARM1 | Сайт метилирования in vitro | Chen et al., 1999; Schurter et al., 2001

K27me | Hs, Dm | E(z)/EZH2-me3 | Polycomb-репрессия Инактивация Х-хромосомы ранних В-клеток | Cao et al., 2002; Czermin et al., 2002; Kuzmichev et al., 2002; Muller et al., 2002; Su et al., 2003

S28ph | Hs | Aurora-В | Конденсация митотических хромосом | Goto et al., 1999, 2002

S28ph | Hs | MSK1 | UVB-индуцированное фосфорилирование | Zhong et al., 2001

K36me | Sc | Set2-me2 | Репрессия генов | Strahl et al., 2002; Kizer et al., 2005

K36me | Nc | Set2-me2 | Активация транскрипции | Adhvaryu et al., 2005

K36me | Sp | Set2-me2 | Элонгация транскрипции | Morris et al., 2005

K79me | Sc. Hs | Dot! /DOT! L-me2 | Теломерный сайленсинг, пахитенный checkpoint | Feng et al., 2002; Lacoste et al., 2002; Ng et al., 2002; van Leeuwen et al., 2002

Дополнительные модификации H3:

K14me, K23me, K27ас, T32ph, K37me, K56me, K64me, K115ас, K118ас, K118me, K122ас, R128me (Hyland et al., 2005).

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

S1ph | Hs, Sc | Casein kinase II | Реакция на повреждение ДНК | Ruiz-Carrillo et al., 1975; Cheung et al., 2005; van Attikum and Gasser, 2005

R3me | Hs, Sc | PRMT1 | Активация транскрипции | H. Wang et al., 2001 a,b

K5ac | It, Dm, Hs | Hatl | Откладка гистонов | Sobeletal., 1995; Parthunetal., 1996; Taplicket al., 1998; Turner, 2000; Kruhlak et al., 2001

K5ac | Sc | Esa1/NluA4 | Прогрессия по клеточному циклу | Smith etal., 1998; Allard etal., 1999; Clarke et al., 1999; Bird et al., 2002; Miranda et al., 2006

K5ac | Hs, Mm | ATF2 | Сиквенс-специфичный TF | Kawasaki et al., 2000a

K5ac | Hs p300 | Активация транскрипции | Turner and Fellows, 1989; Schiltz et al., 1999

K8ac | Hs, Mm | Y-ATF2 | Исключен из Xi. Сиквенс-специфичный транскрипционный фактор | Jeppesenetal., 1993: Choyetal., 2001; Kruhlak et al., 2001; Kawasaki et al., 2000b

K5ac | Hs | PCAF/p300 | Активация транскрипции | Turner and Fellows, 1989; Schiltz et al., 1999

К12ас | Sc, Hs | Hatl | Исключен из Xi. Откладка гистонов | Turner and Fellows, 1989; Jeppesenetal., 1993; Kleffetal., 1995; Sobeletal., 1995; Parthunetal., 1996; Chang et al., 1997; Kruhlak et al., 2001

К12ас | Sc | NuA4 | Прогрессия в митозе и в мейозе | Choy et al., 2001

K12bio | Hs | HCS Биотинидаза | Уменьшение реакции на двунитевые разрывы ДНК. Влияние на пролиферацию клеток | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005a,b

К16ас | Mm | ? | Исключен из Xi. Зависимое от клеточного цикла ацетилирование | Ieppesen et al., 1993; Taplick et al., 1998

К16ас | Dm | MOF | Транскрипционная ап-регуляция мужской Х-хромосомы | Akhtar and Becker, 2000; Hsu et al., 2000

К16ас | Hs, Mm | ATF2 | Сиквенс-специфичный транскрипционный фактор | Turner and Fellows, 1989; Kawasaki et al., 2000a; Turner, 2000; Kruhlak et al., 2001; Vacquero et al., 2004

K20me | Mm, Dm | Suv4-20hl-me2, me3 Suv4-20h2-me2, me3 | Сайленсинг генов | Schotta et al., 2004

K20me | Hs, Dm | Pr-SET7/Set8-me1 | Транскрипционный сайленсинг, митотическая конденсация | Fang et al., 2002; Nishioka et al., 2002b; Rice et al., 2002

K20me | Dm | Ash1-me2 | Trithorax-активация в сочетании с метилированием H3K4 и H3K9 | Beisei et al., 2002

K59me | Sc | Формирование «молчащего» хроматина | Zhang et al., 2003

K59me | Su Hs | SUMO-1 SUMO-3 | Репрессия транскрипции | Shiio and Eisenman, 2003

Дополнительные модификации Н4:

K12me, S47ph, K31ubl, К59me, К77ас, К79ас, К79me, K91ub1, R92me (Hyland et al., 2005).

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

E2ar1 | Rn | PARP-1 | Участие в нейротрофной активности | Ogata et al., 1980; Visochek et al., 2005

T10ph | Hs | — | Митоз-специфичная транскрипционная активация Н1b | Chadee et al., 1995; Garcia et al., 2004; Sarg et al., 2006

E14ar1 | Rn | PARP-1 | Участие в нейротрофной активности Ogata et al., 1980; Visochek et al., 2005

S17ph | Hs | — | Интерфаза-специфичная транскрипционная активация Н1b Garcia et al., 2004; Chadee et al., 1995; Sarg et al., 2006

K26me | Hs | EZH2-me2 | Опосредует связывание НР1 Kuzmichev et al., 2004; Daujat et al., 2005

S27ph | Hs | — | Блокирует связывание НР1 | Garcia et al., 2004; Daujat et al., 2005

T137ph | Hs | — | Митоз-специфичная транскрипционная активация H1b | Chadee et al., 1995; Garcia et al., 2004; Sarg et al., 2006

T154ph | Hs | — | Митоз-специфичная транскрипционная активация H1b | Chadee et al., 1995; Garcia et al., 2004; Sarg et al., 2006

S172ph | Hs | — | Интерфаза-специфичная транскрипционная активация H1b | Chadee et al., 1995; Garcia et al., 2004; Sarg et al., 2006

S188ph | Hs | — | Интерфаза-специфичная транскрипционная активация H1b | Chadee et al., 1995; Garcia et al., 2004; Sarg et al., 2006

K213arl | Rn | PARP-1 | Участие в нейротрофной активности | Ogata et al., 1980; Visochek et al, 2005

Дополнительные модификации Н1:

К26ас, E114arn, убиквитинирование Н1, карбонилирование HI (Pham and Sauer, 2000: Rouleau et al., 2004).

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

S139ph | Hs, Sc, Dm. XI | ATM DNA-PK | Репарация ДНК. Связана с М-фазой. Известна также как ?Н2АХ | Rogakou et al., 1998,1999; Burma et al., 2001 ; Stiff et al., 2004; Ichijima et al., 2005; Mukheijee et al., 2006

Дополнительные модификации H2AX: T136ph.

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

K17me | Hs | — | — | Chu et al., 2006

K115ub1 | Hs | — | — | Ogawa et al., 2005; Chu et al., 2006

K122me | Hs | — | — | Chu et al., 2006

T128ph | Hs | — | — | Chu et al., 2006

K238me | Hs | — | — | Chu et al., 2006

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

K4me | Dm | me1, me2, me3 | Активация транскрипции | McKittrick et al., 2004

K9me | Dm | me1, me2 | Репрессия транскрипции | McKittnck et al., 2004

K9ac | Dm, Hs | — | Активация транскрипции | McKittrick et al., 2004; Hake and Allis, 2006

K14me | Dm | me1, me2 | McKittrick et al., 2004

K14ac | Dm, Hs | — | Активация транскрипции | McKittrick et al., 2004; Hake and Allis, 2006

K18aс | Hs | — | Активация транскрипции | Hake and Allis, 2006

K23ac | Hs | — | Активация транскрипции | Hake and Allis, 2006

K27me | Dm | me1, me2, me3 | Репрессия транскрипции | McKittrick et al., 2004

K36me | Dm, Hs | me1, me2, me3 | Активация транскрипции | McKittrick et al., 2004; Hake and Allis, 2006

K37me | Dm | me1, me2 | — | McKittrick et al., 2004

K79me | Dm, Hs | me1, me2 | Активация транскрипции | McKittrick et al., 2004; Hake and Allis, 2006

S31ph | Млекопитающие | — | Митоз-специфичное фосфорилирование | Hake et al., 2005

Сайт| Модель| Энзим| Функция| Ссылка

S7ph | Hs | — | Митоз | Zeitlin et al., 2001

Дополнительные модификации CENP-A: S17ph.

(An) Aspergillus nidulans, (At) Arabidopsis thaliana, (Ce) Caenorhabditis elegans, (Dm) Drosophila melanogaster, (Hs ) Homo sapiens, (Mm) Mus musculus, (Nc) Neurospora crassa, (Rn) Rattus norvegicus, (Sc) Saccharomyces cerevisiae, (Sp) Schizosaccharomyces pombe, (Tt) Tetrahymena thermophila, (Xl) Xenopus laevis.

Модификации гистонов — по номенклатуре, предложенной Тернером (Turner, 2005).

В таблицах перечисляются все известные модификации гистонов и известные энзимы с первичными ссылками (до мая, 2006 г.). Дополнительные модификации с пока еще неизвестными функциями перечислены под таблицами. Эти модификации взяты из разных источников: обзорных статей, информации от Abeam Cambridge, UK и Upstate Charlottesville, USA, а также из неопубликованных данных лаборатории Рейнберга (Reinberg).