Чарльз Эллис - Эпигенетика
- Название:Эпигенетика
- Автор:
- Жанр:
- Издательство:Техносфера
- Год:2010
- Город:Москва
- ISBN:978-5-94836-257-1
- Рейтинг:
- Избранное:Добавить в избранное
-
Отзывы:
-
Ваша оценка:
Чарльз Эллис - Эпигенетика краткое содержание
Книга ярко и наглядно повествует о новой науке общебиологического значения — эпигенетике, а также об ее отдельных областях. В издании представлено описание разных эпигенетических сигналов и механизмов их реализации, а также собственно феномен, история и концепции эпигенетики, ее отдельные механизмы и пути реализации эпигенетических сигналов в клетке. Авторы различных глав данной книги — ведущие в мире специалисты в области эпигенетики, являющиеся, как правило, и основоположниками ее отдельных областей.
Издание будет полезно широкому кругу читателей, интересующихся коренными проблемами живого мира, сущности жизни и молекулярных механизмов ее проявления.
По формирующейся традиции современной российской научной литературы, оригинальное русскоязычное печатное издание неопрятно переведено, отвратительно вычитано и содержит большое количество ошибок, начиная с обложки. Чарльз Дэвид Эллис указан как С. Д. Эллис.
Эпигенетика - читать онлайн бесплатно полную версию (весь текст целиком)
Интервал:
Закладка:
Каким образом осуществляется распространение гетерохроматина и что является нормальными барьерами для такого распространения? Отметим, что нет никаких данных в пользу транзитивной RNAi у Drosophila , т.е. распространения сайленсинга на мишени в транскрипте, лежащие «вверх по течению» от последовательности dsRNA (Celotto and Gravely, 2002). Это согласуется с отсутствием доказательств в пользу какой-либо зависимой от РНК РНК-полимеразы в этой системе. Система сборки на основе взаимодействий НР1, H3K9me2 и HKMT вполне могла бы объяснить распространение гетерохроматина приблизительно на 10 т.о., как это наблюдается на четвертой хромосоме; этот тип распространения мог бы ограничиваться сайтом ацетилирования гистонов. Но что можно сказать о распространении, происходящем в перестройках, которое, как оказалось, простирается на сотни тысяч оснований? Эта форма распространения не является непрерывной [contiguous], но, опять-таки, критически зависит от белков хроматина, в особенности от JIL-1, выступающего в роли, которая не зависит от его киназной активности. Эти и другие вопросы остаются без ответа.
Благодарности
Мы благодарим Gabriella Farkas за создание используемых здесь рисунков, Anja Ebert за иммунопитологические фотографии и членов наших исследовательских групп за критический просмотр этой главы. Наша работа поддержана Deutsche Forschungsgemeinschaft и Epigenome Network of Excelelnce of the European Union (G.R.) и грантами National Institutes of Health (S.C.R.E.).
Литература
Ahmad K. and Henikoff S. 2001. Modulation of a transcription factor counteracts heterochromatin gene silencing in Drosophila. Cell 104: 839-847.
Aravin A.A., Numova H. M., Tulin A. V., Vagin, V.V., Rozovsky Y.M., and Gvozdev V.A. 2001. Double-stranded RNA-mediated silencing of genomic tandem repeats and transposable elements in the D. melanogaster germline. Curr. Biol. 11: 1017-1027.
Aravin A. A., Lagos-Quintana M.. Yalcin A., Zavolan M., Marks D., Snyder B., Gaasterland T., Meyer J., and Tuschl T. 2003. The small RNA profile during Drosophila melanogaster development. Dev. Cell 5: 337-350.
Ashbumer M., Golic K.G., and Hawley R.S. 2005a. Chromosomes. In Drosophila: A laboratory handbook. 2nd edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, pp. 24-57.
Ashbumer M., Golic K.G., and Hawley R.S. 2005b. Position effect variegation. In Drosophila: A laboratory handbook, 2nd edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, pp. 1007-1049.
Aulner N., Monod C, Mandicourt G., Jullien D., Cuvier O., Sail A., Janssen S., Laemmli U.K, and Kas E. 2002. The AT-hook protein D1 is essential for Drosophila melanogaster development and is implicated in position-effect variegation. Mol. Cell. Biol. 22: 1218-1232.
BaksaK., Morawietz H., Dombradi V., Axton M., Taubert H., Szabo G., Torok I., Gyurkovics H., Szoor B., Gloover D., et al., 1993. Mutations in the phosphatase 1 gene at 87B can differentially affect suppression of position-effect variegation and mitosis in Drosophila melanogaster. Genetics 135: 117-125.
Bannister A.J., Zegermann P., Patridge J.F., Miska E.A., Thomas J.O., Allshire T.C., and Kouzarides T. 2001. Selective recognition of methylated lysine 9 on histone H3 by the HP1 chromo domain. Nature 410: 120-124.
Baumbusch L.O., ThorstensenT., Krauss V., Fischer A., Naumann K., Assalkhou R., Schulz I., Reuter G., and Aalen R. 2001. The Arabidopsis thaliana genome contains at least 29 active genes encoding SET domain proteins that can be assigned to four evolutionary conserved classes. Nucleic Acids Res. 29: 4319-4333.
Belyaeva E.S., Demakova O.V., Umbetova G.H., and Zhimulev I.F. 1993. Cytogenetic and molecular aspects of position-effect variegation in Drosophila melanogaster V. Heterochromatin-associated protein HP1 appears in euchromatic chromosoma] regions that are inactivated as a result of position-effect variegation. Chromosoma 102: 583-590.
Bender W., Spierer P., and Hogness D.S. 1983. Chromosome walking and r jumping to isolate DNA from the Ace and rosy loci and the bithorax complex of Drosophila melanogaster. J. Mol. Biol. 168: 17-33.
Birchler J.A., BhadraU., Rabinow L., Linsk R., and Nguyen-Huyuh A.T. 1994. Weakener of white (Wow), a gene that modifies the expression of white eye color locus and that suppresses position effect variegation in Drosophila melanogaster. Genetics 137: 1057-1070.
Bird A. 2002. DNA methylation patterns and epigenetic memory. Genes Dev. 16: 6-21.
Bushey D. and Locke J. 2004. Mutations in Su(var)205 and Su(var)3-7 suppress P-element-dependent silencing in Drosophila melanogaster. Genetics 168: 1395-1411.
Catcheside D.G. 1939. A position effect in Oenothera. J. Genet. 38: 345-352.
Cattanach B.M. 1961. A chemically-induced variegated-type position effect in the mouse. Z. Vererbungsl. 92: 165-182.
Celotto A.M. and Graveley B.R. 2002 Exon-specific RNAi: A tool for dissecting the functional relevance of alternative splicing. RNA 8: 718-724.
Cleard F. and Spierer P. 2001. Position-effect variegation in Drosophila: The modifier Su(var)3-7 is a modular DNA-binding protein. EMBO Rep. 21: 1095-1100.
Cleard E, Delattre M., and Spierer P. 1997. SU(VAR)3-7 a Drosophila heterochromatin-associated protein and companion of HP1 in the genomic silencing of position-effect variegation. EMBO J. 16: 5280-5288.
Cooper K.W. 1959. Cytogenetic analysis of major heterochromatic elements (especially Xh and Y) in Drosophila melanogaster and the theory of “heterochromatin”. Chromosoma 10: 535-588.
Cortes A. and Azorin F. 2000. DDP1, a heterochromatin-asociated multi-KH-domain protein of Drosophila melanogaster, interacts specifically with centromeric satellite DNA sequences. Mol. Cell. Biol. 20: 3860-3869.
Cryderman D.E., Morris E.J., Biessmann H., Elgin S.C.R., and Wallrath L.L. 1999a. Silencing at Drosophila telomeres: Nuclear organization and chromatin structure play critical roles. EMBO J. 18: 3724-3735.
Cryderman D. E., Tang H., Bell C, Gilmour D.S., and Wallrath L.L. 1999b. Heterochromatic silencing of Drosophila heat shock genes acts at the level of promoter potentiation. Nucleic Acids Res. 27: 3364-3370.
Czermin B., Schotta G., Hblsmann B.B., Brehm A., Becker P.B., Reuter G., and Imhof A. 2001. Physical and functional interaction of SU(VAR)3-9 and HDAC1 m Drosophila. EMBO Rep. 2: 915-919.
Delattre M., Spierer A., Tonka C.H., and Spierer P. 2000. The genomic silencing of position-effect variegation in Drosophila melanogaster. Interaction between the heterochromatm-associated proteins Su(var)3-7 and HP1. J. Cell Sci. 113: 4253-4261
Demerec M. and Slizynska H. 1937. Mottled white 258-18 of Drosophila melanogaster. Genetics 22: 641-649.
Donaldson K.M., Lui A., and Karpen G.H. 2002. Modifiers of terminal deficiency-associated position effect variegation in Drosophila. Genetics 160: 995-1009.
Dorer D.R. and Henikoff S. 1994. Expansion of transgene repeats causes heterochromatin formation and gene silencing in Drosophila. Cell 77: 993-1002.
Dorn R., Krauss V., Reuter G., and Saumweber H. 1993a. The enhancer of position-effect variegation E(var)93D, codes for a chromatin protein containing a conserved domain common to several transcriptional regulators. Proc. Natl. Acad. Sci. 90: 11376-11380.
Dorn R., Szidonya J., Korge G., Sehnen M., Taubert H., Archouk-ieh I., Tschiersch B., Morawietz H., Wustmann G., Hoffmann G., and Reuter G. 1993b. P Transposon-induced dominant enhancer mutations of position-effect variegation in Drosophila melanogaster. Genetics 133: 279-290.
Ebert A., Schotta G., Lein S., Kubicek S., Krauss V., Jenuwein T., and Reuter G. 2004. Su(var) genes regulate the balance between euchromatin and heterochromatin in Drosophila. Genes Dev. 18: 2973-2983.
Eissenberg J.C., Morris G.D., Reuter G., and Hartnett T. 1992. The heterochromatin-associated protein HP-1 is an essential protein in Drosophila with dosage-dependent effects on position-effect variegation. Genetics 131:345-352.
Eissenberg J.C., James T.C., Foster-Hartnett D.M., Hartnett T., Ngan V., and Elgin S.C.R. 1990. A mutation in a heterochromatin-specific chromosomal protein is associated with suppression of position effect variegation in Drosophila melanogaster. Proc. Natl. Acad. Sci. 87:9923-9927.
Elgin S.C.R. and Grewal S.I.S. 2003. Heterochromatin: Silence is Golden. Curr. Biol. 13:R895-R898.
Fanti L. and Pimpinelli S. 2004. Immunostaining of squash preparations of chromosomes of larval brains. Methods Mol. Biol. 247:353-361.
Fanti L., Giovinazzo G., Berloco M., and Pimpinelli S. 1998. The heterochromatin protein 1 prevents telomere fusions in Drosophila. Mol. Cell 2: 527-538.
Farkas G., Gausz J., Galloni M., Reuter G., Gyurkovics H., and Krach F. 1994. The trithorax-like gene encodes the Drosophila GAGA factor. Nature 371:806-808.
Fischle W., Wang Y.. Jacobs S.A., Kim Y., Allis C.D., and Khorasani-zadeh S. 2003. Molecular basis for the discrimination of repres sive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes Dev. 17:1870-1881.
Flybase 2005. The Drosophila database. Available from World Wide Web at the URLs http://morganZharvard.edu and http://www.ebi.ac.uk/flybase/
Foe V.E. and Alberts B.M. 1985. Reversible chromosome condensation induced in Drosophila embryos by anoxia: Visualization of interphase nuclear organization. /. Cell Biol. 100:1623-1636.
Harmon B. and Sedat J. 2005. Cell-by-cell dissection of gene expression and chromosomal interactions reveals consequences of nuclear reorganization. PLoS Biol. 3: e67.
Читать дальшеИнтервал:
Закладка:
