Михаил Супотницкий - Эволюционная патология

Очень немногие из 30–50 идентифицированных групп эндогенных ретровирусов человека содержат открытые рамки считывания для генов трех основных структурных белков Gag, Pol и Env (см. подглаву 1.3). Все они принадлежат к молодому семейству HERV-K, которое поддерживается в геноме приматов Старого Света (Old World monkeys, OWMs), включая человекообразных обезьян и людей. Всего же, по данным pol-специфического микроанализа, среди OWM выявлено не менее 8 семейств гаммаретровирусов, 9 семейств бетаретровирусов и 5 субгрупп HERV–L элементов (Greenwood A. D. et al., 2005). Происхождение многих эндогенных ретровирусов человека уходит в глубину эволюционной истории только приматов примерно на 30–45 млн лет (см. работы Sverdlov E. D., 2000; и Hughes J. F., Coffin J. M., 2005). В действительности они должы быть намного древнее. По крайней мере, 31 семейство HERV являются потомками независимых актов инфекции экзогенными ретровирусами (Belshaw R. et al., 2005).

На рис. 4. показаны гипотетические модели дивергенции видов приматов, произошедшей в периоды «после» эпизоотий ретровирусных инфекций, имевших место 38-5 млн лет назад.

А. Показано распределение эндогенных ретровирусов, интегрировавшихся с геномом передкового вида современных приматов в период от 30 до 5 млн лет назад. «Звездочками» указаны периоды ретровирусных эпизоотий, следы которых обнаруживаются в геноме современных приматов (см. табл. 3). Числа в перевернутых треугольниках показывает ориентировочное время (в млн. лет) расхождения отдельных эволюционных ветвей приматов (за основу мною взята схема Coffin J. M., 2004).Б. Эволюционная история эндогенного ретровируса семейства ERV9 на фоне эволюционного древа приматов — частный случай участия ретровирусов в дивергенции видов приматов. Экспансия ERV9 (линия А ретровируса) в геноме предковых видов современных приматов Старого Света началась 38–30 млн. лет назад. Но наиболее активно экспансия ERV9 по геному приматов осуществлялась в период их дивергенции от гиббонов на высшие виды обезьян (16 — 6 млн лет назад). Максимум транспозиционной активности семейством ERV9 достигнут 8–6 млн лет назад, затем это ретровирусное семейство «угасло» (Costas J., Naverira H., 2000).

Правда J. M. Coffin (2004), нарисовавший большую часть схемы А данного рисунка, представляет дивергенцию приматов бесхитростно, как некое прогрессивное явление, имеющее своей целью создание именно тех их видов, во главе которых сегодня как венец творения Природы стоит человек, на чем этот процесс, разумеется, заканчивается. Но так не бывает. У природы нет вечных любимчиков, маховик эволюции может ускоряться и замедляться, но вращаться он будет постоянно, пока существует жизнь.

Если придерживаться распространенной точки зрения на эндогенизацию ретровирусов как на процесс «перехода» экзогенного ретровируса, вызывающего эпидемии среди своих новых хозяев (а для наших отдаленных предков правильнее использовать термин «эпизоотии»), в эндогенный вирус-мутант, неспособный образовывать вирусные частицы и передаваться горизонтально, то надо предполагать еще и ту цену, которую заплатил отряд приматов за эту «интеграцию». Такая «эндогенизация ретровируса» неизбежно должна сопровождаться массовым вымиранием отдельных видов и даже семейств приматов. Учитывая особенности этих инфекционных процессов, «эндогенизация» в нашем восприятии времени длилась бы десятки тысяч лет (см. Супотницкий М.В., 2000; 2006). Обычно палеоантропологи теряются в догадках о причинах вымирания видов без вроде бы должных на то оснований (изменение климата, тектонические и космические катастрофы и т. п.; иных обычно они себе не представляют (см. работу Оппенгеймера С., 2004).

Оценки возраста ретровирусов делаются на основе сравнения последовательностей двух LTR и знания того, что HERV накапливают мутации со скоростью от 2.3х10 -9до 5х10 -9замен нуклеотидов в год, т. е. одно изменение в нуклеотидной последовательности LTR каждые 200 тыс. — 450 тыс. лет. Некоторые ретроэлементы геномов приматов Старого Света имеют возраст не менее 55 млн лет (Bannert N., Kurth R. 2004).

Интересно отметить то, что обезьяны Нового Света (New World monkeys, NWMs) обычно либо вообще не имеют, либо имеют только сильно редуцированные копии ERV большинства классов (Greenwood A. D. et al., 2005). Следовательно, ретровирусное инфицирование вида возможно не при всех сценариях его существования. Однако если оно произошло и привело к эндогенизации ретровируса, то влечет за собой труднопрогнозируемые эволюционные последствия на протяжении нескольких миллионов лет. Объяснение причин отсутствия следов «ретровирусных атак» в геноме обезьян Нового Света представляет собой не менее интересную задачу, чем объяснение их наличия для обезьян Старого Света. Получается, что существуют либо неизвестные источники ретровирусов для приматов (и с ними не соприкасались приматы Американского континента), либо в природе имеются какие-то терминаторы ретровирусных эпизоотий, которые не представлены в Старом Свете. А вот результат эволюции без «эндогенизации» ретровирусов, как говорится, «на лицо». Обычно обезьян Нового Света относят к надсемейству примитивных широконосых обезьян. Это мелкие обезьяны с широкой хрящевой носовой перегородкой, с направленными вперед ноздрями и с когтеобразными ногтями. Большой палец не противопоставляется другим, полушария мозга гладкие. Свою цену за эволюцию они явно не заплатили. Но теперь вернемся к тем, кто «платил за все».

Ретровирусы семейства HERV-K у приматов Старого Света были активны перед и после эволюционного разделения человека и шимпанзе 5–6 млн лет назад. Некоторые из них встречаются исключительно только у людей, тем самым показывая, что они интегрировались с его геномом уже после разделения этих линий (табл. 3).

HERV-K | Положение в хромосоме человека | Наибольшая дистанция до вида, в котором провирус был обнаружен | Оценка времени интеграции (млн лет)

HERV-K | Положение в хромосоме человека | Наибольшая дистанция до вида, в котором провирус был обнаружен | Оценка времени интеграции (млн. лет) | Дата «расхождения» с общим предком (млн. лет)

4q32 | 166274445-166281673 | шимпанзе | 7,2-10,5 | 6

HERVK(II) (Chr, 3) | 102893427-102902549 | горилла | 4,9–5,9 | 7

12q24 | 132277472-132283414 | горилла | 6,6–9,8 | 7

10p14 | 6906147-6915609 | горилла | 9,0-12,6 | 7

19p13.11A | 22549664-22556401 | горилла | 10,3-15,4 | 7

22q11 | 22204481-22215171 | горилла | 28,6-38,9 | 7